تخوف العديد من الخبراء والنشطاء والباحثين السياسيين من إستمرار مجلس الشورى ، خاصة من بعد أن قام الرئيس محمد مرسي بتعيين ثلث أعضاء المجلس من المؤيدين له والشخصيات العامة المنحازة له ، من أجل إضفاء صفة الشرعية على المجلس ، وتحصين شرعيته بإعلان دستوري مكمل ، والاستفتاء على الدستور الجديد وإعلان النتيجة ب "نعم" ، كل ذلك من أجل التصدي لأية أحكام تقضي ببطلان المجلس ، بينما نفى بعض القانونيون المؤيدون لمحمد مرسي ، إمكانية القضاء ببطلان مجلس الشورى خلال جلسة المحكمة الدستورية العليا والمقرر عقدها في منتصف هذا الشهر ، وذلك لما يوفره الدستور من تحصينات تكفي لاستمرار المجلس ، وممارسة أدواره في التشريع والمراقبة ، حيث صرح ضياء رشوان الباحث السياسي بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية ل " الوادي " أن مجلس الشورى الحالي من حقه القيام بمثل هذه المهام التي يقوم بها الأن فهو يقوم بمهام وصلاحيات البرلمان ومجلس الشورى معا ً ، ومن ثم الإنفراد بتشريع القوانين العامة التي تنظم الحياة العامة ، وأستنكر رشوان محاولات الرئيس محمد مرسي لتحصين بقاء المجلس بإصدار إعلانا دستوريا ً ونصوص دستورية بالدستور الجديد الذي تم الإستفتاء عليه بنعم ، وذلك بغعطائه صلاحيات لا حدود لها ، من أجل حماية المجلس من القضاء وإصدار أحكاما ً ببطلانه ، كما تخوف رشوان من إستمرار هذا المجلس وإصدار تشريعات خاصة من شأنها تعميق الخلاف بين النظام الحاكم وقوى المعارضة ، خاصة في ظل أستحواذ القوى الإسلامية على المجلس . ، موضحا ً أن كل هذه القرارات يدفع ثمنها الشعب المصري والإقتصاد المصري ويدفع بالأخير إلى مزيد من التدهور ، وأنه في حال إصدار المحكمة الدستورية حكمها ببطلان قانون مجلس الشورى ، فإن هناك مواجهة أكبر ألا وهي تطبيق الحكم ، موضحا ً أنه منذ أن تولى مرسي الحكم وهو يرفض دائما ً إحترام أحكام القضاء ، محاولا ً التشكيك وجماعته في القضاء المصري والمساس بإستقلاليته . فيما قال هاني رسلان الناشط السياسي أنه كان يجب إصدار حكما بعدم دستورية مجلس الشورى قياسًا بالحكم الذي صدر بعدم دستورية قانون مجلس الشعب منذ ذلك الوقت ، وأضاف أنه على الرغم من تأخر صدور الحكم ، إلا أنه بصدور حكمًا بعدم دستورية قانون مجلس الشورى سيترتب على ذلك أثار خطيرة أهمها هو إنعدام وجود المجلس من تاريخ انتخابه ، كما أوضح رسلان أنه في هذه الحالة لن يحمي مجلس الشورى وإستمراره نص الدستور الجديد ، مشيرا ً إلى أن الدستور الجديد نص على بقائه وعلى تخويله إختصاصات التشريع ، لأن هذا النص قد وقع على محل غير موجود أي أنه وقت صدور النص الدستورى الجديد لم يكن لمجلس الشورى وجود قانوني . كما أضاف رسلان أن كافة التحصينات التي وضعها الرئيس محمد مرسي من إصدار إعلان دستوري ثم الإستفتاء على مشروع الدستور والموافقة عليه لن يطهر مجل الشورى من شبهة بطلانه ، حتى بعد تعيين مرسي ل 90 عضوا جديدا ً بالمجلس من أجل إعطاء الشرعية لهذا المجلس ، وأضاف أيضا ً رسلان أن من تم تعيينهم من قبل مرسي لم تتوفر بهم الصفة التشريعية ، كما أتفق رسلان مع ضياء رشوان من إستمرار هذا المجلس بهذه الصلاحيات وإستغلال النظام لذلك من أجل إصدار تشريعات من شأنها خدمة النظام السياسي . كما أيد الدكتور وحيد عبد المجيد نائب رئيس مركز الأهرام للدراسات السياسية والإستراتيجية مخاوف الخبراء من إصدار المجلس لتشريعات ويأتي على رأسها القوانين المنظمة للعملية الإنتخابية ، مثل قانون الإنتخابات البرلمانية وقانون المحكمة الدستورية وقانون السلطة القضائية والقوانين المنظمة للحالة الإقتصادية مثل قانون الضرائب ، والذى يهدف من إقراره إلى زيادة الدخل للموازنة العامة على حساب دخل المواطنين . ومن ناحية أخرى قال عبد المجيد أنه فوجئ بإصدار الدكتور محمد مرسي بتعيين ثلث أعضاء مجلس الشورى الذي سيتولى مهام التشريع مؤقتا ً بدلا ً من مجلس الشعب لحين إجراء الإنتخابات البرلمانية ، كما أستنكر عبد المجيد إلى فيما أسماه بمحاولة التشهير بنزاهة القضاء المصري مشيرا ً إلى أن ما قام به مؤيدي الرئيس محمد مرسي وجماعة الإخوان من تشكيك في نزاهة القضاء وإنتهاك قدسيتها وإهانة القضاة وأنها تعد سابقة لم تشهدها مصر من قبل ، كان كل هذا بهدف رفض تنفيذ أحكام المحكمة الدستورية بحل مجلس الشورى أو إصدار حكما ً يقضي بعدم دستورية الجمعية التأسيسية لصياغة الدستور بينما رأى عبد العزيز الدريني المحامي بجماعة الأخوان المسلمين أن تعيين الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية ل 90 عضوا ً أي ما يعادل ثلث أعضاء المجلس ، أنه سيخرج بجودة تشريعية ، مؤكدا إستحالة القضاء ببطلان شرعية مجلس الشورى ، بعد أن تم إستفتاء الشعب على نصوص الدستور الجديد والموافقة عليه ، وهو الدستور الذي يضمن شرعية وبقاء مجلس الشورى ، وحق المجلس في ممارسة أدواره التشريعية والمراقبة ، والقيام بالأعمال البرلمانية لحين إجراء الإنتخابات البرلمانية.