اتهّمت الدول العربية، قطر بدعم أيديولوجية تنظيمى القاعدة وداعش بالمنطقة، من سوريا إلى شبه جزيرة سيناء، فى ضوء قرارهم بقطع العلاقات مع الدوحة. وأشارت صحيفة "هاآرتس" الإسرائيلية، إلى أن خبراء وجماعات فى سوريا، قالت إن قطر تموّل التنظيمات المسلحة بشكل غير مباشر، كما أشارت إلى دول أخرى دعمت فصائل للمعارضة قبل أن تغيّر موقفها. ورأى بعض الخبراء أن الخطوط مُبهمة لتمييز أى ّ من فصائل المعارضة السورية على علاقة بتنظيمات القاعدة وداعش، بينما أكّد خبير سورى يدعى "حسن حسن" أن قطّر دعمّت حركة أحرار الشام، التابعة لتنظيم القاعدة. وفيما يتعلق بدعم قطر للميليشيات الإيرانية، أشارت الصحيفة إلى دفع الدوحة ملايين الدولارات لميليشيا شيعية بالعراق فى صفقة يتم بمقتضاها إطلاق سراح قطريين يعملون هناك، وطالبت مصر الأممالمتحدة بفتح تحقيق فى قضة تمويل قطر لجماعة إرهابية بالعراق بقيمة مليار دولار، مما يخالف القوانين الدولية. واتهّمت السعودية والبحرين أيضاً، قطر بدعم الميليشيات الشيعية فى كلا البلدين، كما اتهمت الرياض، الدوحة بتمويل الحوثيين الشيعية باليمن، حيث يرى الخبراء عدم وجود دليل على ذلك، لكنّ ربما يستند الاتهام على دورها فى مفاوضات نقل السلطة فى اليمن عام 2112.