توقع الدكتور مصطفى الفقي - المفكر السياسي ورئيس لجنة العلاقات الخارجية السابق بمجلس الشوري – أن علاقة الإخوان المسلمين مع الأقباط حالة وصولهم للحكم ستكون رائعة. مؤكدا أنه لن تشهد أحداث طائفية كما كان في عهد مبارك، مؤكدا أن الاخوان طوال تاريخهم لم يضطهدوا الأقباط، واستشهد بتقدير الاخوان للمفكر السياسي الراحل مكرم عبيد الذي كان السياسي الوحيد الذي حضر جنازة "مؤسس الجماعة حسن البنا ". وأشاد الفقي بالبابا شنورة الثالث بابا الإسكندرية والكرازة المرقسية، ودوره التاريخي في إعطاء الأقباط الهوية السياسية وحل المشكلة التاريخية بين الأقباط والعرب بعد أن كان يكره الأقباط فكرة العروبة لانها أتت بالإسلام لمصر ومواقفه القومية والعربية في دعم القضايا العربية والفلسطينية واصفا إياه بأنه أقوى شخصية قبطية في العصر الحديث. وأوضح الفقي في ندوة "الكنيسة المصرية توازنات الدين والدولة" أن مبارك استغل علاقته بالبابا شنودة فكان يرسلني للبابا في المشاكل التي تتعلق بين الدولة والكنيسة لحلها، مضيفا أنه في ديسمبر 2010 بعد أحداث العمرانية اعتكف البابا في الصحراء حزنا على الاحداث وطلبني الأنبا موسى الأسقف العام للشباب لإثناء البابا عن قراره حتى يحضر افتتاح البرلمان المزور في 2010 وذهبت له واتصلت برئاسة الجمهورية قالولي: "روح أنت ملناش دعوة لو نجحت انه يحضر يبقى احنا نجحنا ولو فشلت يبقى انت اللي فشلت مش احنا". قال الفقي إن معالجة الفتنة الطائفية في عهد النظام السابق عبارة عن تسديد خانات وتسكين عام دون حلول حقيقية مما أدى لغياب الرؤى وتفاقم الاحداث وآخرها حادثة كنيسة القديسين يناير 2010، وأضاف أنه توقع أن تنتهي المشاكل الطائفية بعد توحد الأقباط والمسلمين في ثورة 25 يناير ولكن الأيدي الخفية مازالت تعبث بمقدرات الوطن. وأكد الفقي أن الكنيسة المصرية والأزهر الشريف لهم دور تاريخي ومهم في إصلاح صورة مصر في العالم الخارجي لانهم يحظون باحترام العالم كله الكنيسة المصرية لهم دور مهم في علاقة ازمة المياه عن طريق التواصل مع إثيوبيا. ورفض الاجابة عن سؤال البوابة عن نقل مبارك لمستشفى طره في ذلك التوقيت وتوزيع رموز النظام السابق على السجون المختلفة والتعليق على الأحداث الجارية بصورة عامة وتعلل قائلا: "عيب نتكلم عن ده في ندوة دينية "