ظل الاهتمام بالنيل قائما لدى نسل أسرة محمد على، حتى إنه فى عهد سعيد باشا، ونظرا لاستقرار الأوضاع فى السودان فى ظل الحكومة المصرية، تشجع الأوروبيون على ارتياد السودان والقيام برحلات إلى قلب أفريقيا فى سياق التكالب على اكتشاف منابع النيل لصالح مصر، وكان من هؤلاء المستكشفين «السير صمويل بيكر» الذى صعد جنوبا من مدينة الخرطوم حتى وصل إلى المدينة التى وصلت إليها حملات سليم بك قبطان فى عهد محمد على، وظل بيكر يتابع السير جنوبا فالتقى به الرحالتان «جرانت» و«اسبيك» قادمين من الجنوب وأخبراه بأنهما اكتشفا بحيرة فيكتوريا، وأنهما علما بوجود بحيرة أخرى ولكنهما لم يصلا إليها، فتابع صمويل بيكر سيره فى النيل حتى انتهى به الأمر إلى اكتشاف هذه البحيرة فأطلق عليها اسم بحيرة ألبرت وعلى هذا سميت البحيرتان على اسم الملكة فيكتوريا وزوجها ألبرت وكان هذا عام 1863. وفى عهد الخديو إسماعيل وفى عام 1871، تم مد سيادة مصر إلى خط الاستواء ورفع العلم المصرى فى 26 مايو من ذلك العام على بلدة غندكرو على مقربة من خط الاستواء، وقام بهذا السير صمويل بيكر الذى كان يعمل لصالح الحكومة المصرية والذى كان على رأس حملة مصرية لاكتشاف منابع النيل وتوطيد أركان النظام والأمن. وجاء بهذا الصدد فى قرار الخديو إسماعيل: «نحن خديو مصر أمرنا بما هو آت نظرا للحالة الهمجية السائدة بين القبائل فى حوض النيل لأن النواحى (الأماكن) المذكورة ليس بها حكومة ولا قوانين ولا أمن».. إلى قوله: «ويفتح طريق الاتصال بالبحيرات الكبرى الواقعة على خط الاستواء بواسطة المراكب التجارية.. وقد أمرنا بما هو آت...»، وكانت حملة «بيكر» مؤلفة من 1200 جندى نصفهم مصريون والباقون من السودانيين.. وفى عام 1874 تم تعيين جوردون باشا حكمدارا لمديرية خط الاستواء بعد بيكر، وفى العام ذاته كان الضابط الأمريكى «شابى لونج»، الموظف فى الحكومة المصرية قد رفع العلم المصرى على آفاق جديدة من منابع النيل واكتشف بحيرة «كيوجا» وأطلق عليها اسم «إبراهيم»، وفرض حماية مصر على أوغندا وضم دارفور إلى مصر، وتم رفع العلم المصرى هناك، وكان تم العمل فى ترعة الإبراهيمية بعد عمل استمر 6 سنوات وعمل فيها نحو 1000 عامل بالسخرة وبلغ طولها 267 كيلومتراً وكانت من أكبر الترع الصناعية وهى تأخذ مسارها من أسيوط وتنتهى عند أشمنت، وتروى مديريات أسيوط والمنيا وبنى سويف، وأمكن بفضلها تحويل نظام الرى إلى نظام صيفى لزراعة القطن والقصب، وقد قام بتصميمها المهندس المصرى مصطفى بهجت باشا كما أن قناطر التقسيم التى أقامها المهندسون المصريون عند ديروط من أعظم أعمال الرى الهندسية. وفى عام 1875 تم ضم ولايتى زيلع وبربرة من بلاد الصومال الشمالى إلى سلطان مصر، وهما تقعان على خليج عدن وأرسل الخديو إليهما حكاما عسكريين وقوات من الجيش المصرى، وبذلك يكون سلطان مصر امتد سلطانه من سواحل البحر الأحمر حتى خليج عدن، ثم أرسل إسماعيل حملة عن طريق البحر الأحمر تحت قيادة ماكيلوب باشا مدير الموانئ المصرية لاحتلال الصومال، وعهد بقيادة القوات البرية إلى الأميرالاى «شابى لونج» وبدأ التطلع إلى الحبشة لكن ذلك لم يحدث.
