اختلف أعضاء مجلس قيادة الثورة حول الموقف الذى ينبغى أن يُتخذ حيال استقالة محمد نجيب فى 23 فبراير 1954، فرأى فريق منهم إعلان قبول الاستقالة، ورأى الفريق الثانى إصدار قرار بإقالة محمد نجيب، أما خالد محيى الدين فرَفض الاستقالة مخافة قيام ثورة بالبلاد، ولما أصر المجلس على قبول الاستقالة قدم خالد استقالته ونجح زملاؤه فى إقناعه بتأجيل الاستقالة إلا أنه رفض إقناع الذى كان يتولى قيادته وكان مؤيدا لنجيب. وبعد اجتماع مجلس قيادة الثورة مع فريق الضباط الأحرار خرجت ثلاثة حلول هى: قبول استقالة نجيب أو تنحى أعضاء مجلس قيادة الثورة أو التوفيق بين الطرفين للخروج من الأزمة. وصباح 25 فبراير تم إعلان قرار بقبول استقالة نجيب موجها رسالة إلى الشعب تتضمن أن سبب الخلاف مع نجيب رغبته فى زيادة سلطاته والانفراد باتخاذ القرار. وتضمن القرار انفراد مجلس قيادة الثورة بتحمل المسئولية وتعيين عبد الناصر رئيسا لمجلس الوزراء، واجتمع سلاح الفرسان مطالبا بالاجتماع بمجلس قيادة الثورة وحضر الاجتماع جمال عبد الناصر، واتهم الضباط القرار بأنه غير ديمقراطى ولم يؤخذ رأى الشعب فيه وحذر بعضهم من خروج مظاهرات تطالب بعودة نجيب إضافة إلى فقدان السودان. وانتهى الاجتماع بعودة نجيب إلى الرئاسة وتشكيل لجنة لإعداد الدستور برئاسة على ماهر على أن يتولى خالد محيى الدين رئاسة الوزارة، واتهم خالد بتدبير انقلابا شيوعيا من خلال سلاح الفرسان، وخرجت الجماهير إلى الشارع بقيادة الإخوان والوفديين والشيوعيين تهتف لنجيب والديمقراطية، واشتبك معهم البوليس عند كوبرى قصر النيل، وفى يوم 27 فبراير صدر إعلان بعودة نجيب إلى رئاسة الجمهورية واستمرار عبد الناصر رئيسا للوزارة.. وبهذا حسم الشعب القرار.