شهدت علاقة الدكتور محمد البرادعى، رئيس حزب الدستور ونائب رئيس الجمهورية المستقيل، بتنظيم الإخوان قليلاً من الحفاوة واستغلال اسمه وضميره الوطنى وكثيراً من التوترات والأزمات، على مدار 3 أعوام منذ وصوله إلى مصر فى 2010. وعلى الرغم من الحفاوة البالغة التى استقبل بها الإخوان البرادعى بعد رحيله من وكالة الطاقة الذرية، وإعلان تأييدهم له ولمطالب التغيير التى حملها، ومشاركتهم مع القوى السياسية فى تأسيس الجمعية الوطنية للتغيير، وجمع توقيعات مطالب التغيير - فإنهم سرعان ما وجهوا أول لطمة للبرادعى، بعد أن رفضوا قرار المعارضة المصرية بمقاطعة الانتخابات البرلمانية فى أكتوبر 2010 لتعرية نظام مبارك، وأعلنوا مشاركتهم فى الانتخابات، فى ضربة قوية للدعوة التى أطلقها محمد البرادعى لمقاطعة الانتخابات. وحين أطلق البرادعى الدعوة للعصيان المدنى والثورة لإسقاط الرئيس السابق محمد حسنى مبارك فى 25 يناير، وضع تنظيم الإخوان شروطه ورفض المشاركة، ووضعوا 10 مطالب لنظام مبارك، بحثاً عن مقاعد فى البرلمان وفى الحكومة. وبعد نجاح 25 يناير وإسقاط جزء كبير من نظام مبارك فى 28 يناير، لجأ تنظيم الإخوان للمناورات السياسية مع نظام مبارك، ورفضوا دعوات البرادعى والقوى الوطنية والجمعية الوطنية للتغيير إلى عدم التفاوض مع اللواء عمر سليمان، نائب رئيس الجمهورية السابق، وأصروا على التفاوض ضاربين بقرارات البرادعى والقوى الوطنية عرض الحائط. وعلى الرغم من الأقوال التى حملت المجاملات للبرادعى من قيادات الإخوان على أنه رمز الوطنية وقائد التغيير قبل 25 يناير، فإنهم سرعان ما هاجموه بعد نجاح الثورة، رافضين أن يكون رئيسا للمجلس الرئاسى المدنى أو أن يرأس عملية التفاوض مع المجلس العسكرى السابق، مفضلين أن يرأس المجلس العسكرى الفترة الانتقالية، وأن البرادعى ليس رمزا للثورة. ورفض الإخوان مطالب البرادعى بأن يكون الدستور أولاً بعد الثورة مباشرة، واتهموه بالعلمانية ومعاداة الدين لاعتراضه على تعديل الدستور، وشنوا عليه حملة شرسة فيها كثير من التخوين. وحين قرر البرادعى بعد الثورة خوض الانتخابات الرئاسية قبل أن ينسحب منها، رفض الإخوان مساندته فى الانتخابات وأن يكون مرشحاً للثورة رغم إعلانهم مساندته له قبل رحيل مبارك. ورفض التنظيم دعوات البرادعى إلى مواجهة المجلس العسكرى السابق والمطالبة بإعلان جدول زمنى لانتقال السلطة أو التنازل عنها، متمسكين بوجود الجيش فى السلطة، وتفرغوا للوصول إلى السلطة ومهادنة «العسكرى» وسط سقوط عدد كبير من الشهداء فى فترة المرحلة الانتقالية. وعلى الرغم من علاقة البرادعى والإخوان التى شهدت كثيراً من التخوين للبرادعى ومبادئه، فإن رئيس حزب الدستور رفض أن تنقطع علاقته بالإخوان أو اعتبارهم فصيلاً غير وطنى وتفاوض مع المجلس العسكرى لحل أزمة الرئاسة المصرية قبل ساعات من تسليم السلطة لمحمد مرسى فى 30 يونيو 2012. ورفض البرادعى فى فيديو مسجل له فى ديسمبر 2012 مطالب الإطاحة بمرسى قبل أن يطالبه بالرحيل قبل 30 يونيو 2013، على الرغم من إصدار الرئيس الإعلان الدستورى وإصراره على إجراء الاستفتاء على الدستور الذى لاقى رفضاً واسعاً من القوى المدنية. تعرض البرادعى لحملة شرسة لإرهابه وتهديدات أنصار الإخوان له بالقتل على مدار حكم مرسى وتقديم بلاغات ضده بالانقلاب على الحكم والمطالبة باعتقاله وسجنه عقب تأسيس جبهة الإنقاذ. وعلى الرغم من الإطاحة بهم من السلطة فى 30 يونيو وسفك دماء الشعب، فإن البرادعى رفض فض اعتصاماتهم المسلحة التى تعارضت مع رغبة الشعب وقتلت الكثير من أبنائه، معلناً استقالته من منصبه كنائب لرئيس الجمهورية للشئون الخارجية، اعتراضاً على فض اعتصاماتهم المسلحة، لتثير استقالته التى أتت فى توقيت صعب جدلاً واسعاً. من جانبه، قال أحمد بهاء الدين شعبان، منسق الجمعية الوطنية للتغيير، ل«الوطن»، إن تنظيم الإخوان حاول استغلال الجمعية والدكتور البرادعى رئيسها السابق عقب إنشائها فى 2010، ولكن سرعان ما قرأت القوى الوطنية داخل الجمعية المشهد، وأخرجت 4 بيانات ضد تنظيم الإخوان قبل ثورة 25 يناير، اعتراضاً على مواقفهم، بسبب اكتشاف كذبهم وعدم وفائهم بأى التزام، ودخولهم فى صفقات مشينة أثناء الثورة مع المجلس العسكرى، وقال إن استقالة البرادعى مثلت طعنة فى ظهر الوطن فى ظل مواجهة الشعب للعدوان الإرهابى فى الداخل ومساندة الغرب لهم.