عدم تحصيل مديونيه تصل ل 3 مليون جنيه من بينها 300 ألف لترميم مبنى الرئاسة صندوق تمويل البحوث أنفق 10 مليون جنيه على مكافأت لقيادات الهيئة ومليون جنيه مستلزمات بحوث جودت الملط حصل "الدستور الأصلى" على تفاصيل تخص هيئة الطاقة الذرية بتقرير الجهاز المركزى للمحاسبات لعام 2009 – 2010 حيث أوضح التقرير إستمرار قيد مبالغ على ذمة إعتمادات مستندية مفتوحة بالخارج وصل بعضها إلى 26 سنة دون توصية مما يوضح ضعف إجراءات الرقابة الإدارية. بالإضافه إلى إستمرار تضمين حساب الديون المستحقة للحكومة تصل إلى 3 مليون جنية منذ 23 عاما وعدم إتخاذ إجراءات لتحصيل هذه المديوينه من بينها 300 ألف جنيه لعملية ترميم مبنى الرئاسه لشركة منتدى العماره و الديكور. بجانب عدم مطابقة كشف الموجودات بمخازن هيئو الطاقه الذريه مع الرصيد الدفترى لحساب الأصول مع عدم إرفاق إقرار بإتمام عملية الجرد السنوى للمخازن، علما بأن بيان الموجودات فى المخازن يقدر ب 2 مليون جنية بفارق مفقودات يقدر ب 31 مليون جنية. وأوضح التقرير تراخى متابعة تسوية بعض المبالغ المصروفة كبدل سفر على الرغم من مرور 13 سنه على صرف بعضها، وتتضمن قائمة المخالفين على إسلام رئيس الهيئة السابق ووليد زيدان و محمد غنيم رئيس مصنع الوقود و رأفت يسرى و ليلى فكرى و على حماد بالإضافة الى بعض أعضاء جهاز رقابى على أعمال الهيئة منهم محفوظ أمين عبد الرحمن و عصام عبد العزيز و فهمى حجاج. وأوضحت إحدى صفحات التقرير مصروفات و إيرادات صندوق تمويل البحوث العلميه من يوليو 2009 حتى يونيه 2010 و أوضح المصروفات تقدر ب 16 مليون جنيه 10 مليون منها على المكافأت و مليون جنيه على مستلزمات الأبحاث و 2 مليون جنيه على حافز تطوير الإنتاج أما جوائز الأبحاث لم تتعدى 206 ألف جنية. ويعرض الجدول التالى توزيع المكافأت كما عرضها تقرير المركزى للمحاسبات : جدول يوضح توزيع المكافأت بالشهر :
الشهر و السنه إجمالى المكافأت بالجنيه يولية 2009 253,066 الف أغسطس 2009 1,230,459.26 مليون سبتمبر 2009 732,490 الف أكتوبر 2009 819,742.22 الف نوفمبر 2009 812,149.46 الف ديسمبر 2009 696,682.40 الف يناير 2010 714.281 الف فبراير 2010 691,930.67 الف مارس 2010 1,541,117.24 مليون أبريل 2010 872,563.98 الف مايو 2010 799,741.80 الف يونية 2010 1,418,580.48 مليون