اعترضت المنظمات الأجنبية على المواد المتعلقة بالجمعيات الأجنبية بمشروع قانون الجمعيات الأهلية الجديد، الذى يناقشه مجلس الشورى تمهيدًا لإصداره. ورفضت المنظمات فكرة اللجنة التنسيقية واعتبروها عائقًا أمام عمل الجمعيات الأجنبية فى مصر وتقنين وضع الأمن القومى داخل عمل اللجنة التنسيقية ومشكلات التسجيل واعتبار أموال المنظمات أموالاً عامة وموضوع اللائحة التنفيذية. ومن جانبه قال الدكتور عبد العظيم محمود رئيس لجنة التنمية البشرية خلال اجتماع اللجنة، إنه يرفض التشكيك فى نوايا اللجنة، مؤكدًا أن المجلس لا يريد تضيق العمل على العمل الأهلى فى مصر مشيرًا إلى أن اللجنة التنسيقية هدفها فى الأساس التسهيل على منح ترخيص العمل للمنظمات الأهلية وبدلا من التشتيت أصبحت هناك هيئة واحدة منوطة بمنح الترخيص وإلزامه بإعطاء رأيه سريعًا وعدم التسويف. وكانت اللجنة قد استمعت إلى عدد من المنظمات الأجنبية التى تعمل فى مصر ورؤيتها حول مواد القانون، حيث أكد أحمد زارع مدير مركز القاهرة لحقوق الإنسان أنه بموجب القانون الجديد لا يجوز الطعن على رأى الأمن بعد تقنين وضعه. ومن جانبها قالت هبة موريف منظمة هيومان رايتس واتش، كنا نتمنى أن تكون هناك نظرة مختلفة لعمل الجمعيات الأهلية ومن خلال خبرتنا فى التعامل مع نظام مبارك كان يتم التضييق علينا وفى عملنا فكان لا يمنحنا حصانة التسجيل وفى نفس الوقت يمنحنا حق العمل واعترضت على استمرار سيطرة الأمن من خلال تقنينه بواسطة هذا المشروع. فى هذا السياق، نبه أحمد كمال من مؤسسة الكرامة السويسرية، إلى أن هذا القانون سيكون الأول الذى يقنن وضع الأمن القومى، بعد أن كان يعمل فى الماضى فى عمل الجمعيات دون تقنين. وقال: دى أزمة كبيرة، ليس لدينا مشكلة فى تواجده، لكن ستكون السبقة الأولى فى تاريخ القوانين المصرية.