قبيل أيام قليلة من استلامه مهام منصبه، وحتى قبل أن يصل مكتبه في الوزارة، وجد الدكتور خالد عبدالغفار نفسه في مواجهة لم يستعد لها بعد مع الجامعات الخاصة، بعد إعلانهم رفض بند "الجودة" الذي تم استحداثه للموافقة على إنشاء فروع جديدة للجامعات بمختلف المحافظات. أصدرت وزارة التعليم العالى والبحث العلمى مؤخرا قرارًا بوقف قبول طلبات إنشاء جامعات خاصة جديدة إلا بعد دراسة الطلبات المقدمة للوزارة، ووصل عددها لأكثر من 100 طلب، ثم خرجت وزارة التعليم العالى بعدد من الضوابط الجديدة لإنشاء الجامعات الخاصة. قائمة الضوابط تضمنت بندًا أثار أزمة بين الوزارة وبعض الجامعات، إذ ينص البند على: «يشترط للموافقة على إنشاء فروع للجامعات الخاصة حصول الجامعة الأم وجميع كلياتها على شهادة الاعتماد من الهيئة القومية لضمان الجودة وتخريج دفعة على الأقل من جميع الكليات بعد حصولها على الاعتماد، وأن يكون الموقع المختار لفرع الجامعة الجديد خارج نطاق القاهرة والجيزة ويقع بالظهير الصحراوى للمحافظة التي سيتم إنشاؤه فيها، واستكمال كل الهياكل الأكاديمية والإدارية بالتعيين دون الانتدابات والإعارات من أي جهة خارجية». مصدر مسئول بمجلس الجامعات الخاصة، قال إن هناك بعض الجامعات اعترضت على هذا البند، خاصة أن هناك جامعات خاصة عازفة تمامًا عن التقدم للحصول على الجودة المصرية، والبعض منها يعتبرها مجرد ملء أوراق ولا يجوز للوزارة إجبار الجامعات بالحصول عليها. وأضاف المصدر أن الجامعة الأمريكية هي الوحيدة بين الجامعات الخاصة التي حصلت على الجودة المصرية رغم أنها ليست تابعة للتعليم العالى ولها قانون خاص ولكنها حصلت على الجودة لأمور سياسية، على حد قوله، مشيرًا إلى أن هناك ضغوطًا على الوزارة لإلغاء هذا البند حتى تحصل الجامعات على حرية إنشاء فروع لكلياتها، مؤكدًا أن المفاوضات قد تكون صعبة لأن الضوابط الجديدة تم الموافقة عليها واعتمادها. وأوضح أن أولى جلسات المجلس التي يرأسها الوزير الجديد سيكون هذا الأمر محل نقاش وحسم وسيقوم أعضاء المجلس بعرض الأمر عليه من أجل إلغاء هذا البند أو تعديله بحيث يصبح غير ملزم تطبيقه لشرط إنشاء فروع خارج الحرم الجامعى. من جانبه، قال «الدكتور عبادة سرحان - رئيس جامعة المستقبل» إنه لا يصح إلزام الجامعات الخاصة بالحصول على الجودة المصرية من أجل إنشاء فروع للكليات، مؤكدًا أن هناك بعض القائمين على الجودة يحتاجون إلى تدريبات مكثفة في تنفيذها. وأشار عبادة إلى أن جامعة المستقبل بها كليتان حصلتا على الاعتماد والجودة، وهما «الصيدلة والهندسة»، مؤكدًا أنهم بدءوا اتخاذ الإجراءات اللازمة للحصول على الجودة لكليات الجامعة، لافتًا إلى أن هناك جامعات حكومية لم تحصل على الاعتماد الكامل من الجودة المصرية وجامعة القاهرة لم تحصل على 86% من الاعتماد والجودة لكلياتها وهناك تحركات لإلغاء هذا البند من الشروط التي اعتمدت. أما الدكتور أحمد حمد، رئيس الجامعة البريطانية، فأكد أن الجودة المصرية مجرد «جودة ورقية وتستيف أوراق فقط وسبوبة للعاملين»، مستدلا على كلامه بوجود كليات حكومية لم تحصل على الاعتماد والجودة وأنفقت ملايين الجنيهات ولم يحاسبها أحد مشيرا إلى أن كليات الصيدلة هي أكثر الكليات حصولا على الجودة، بينما لا تجد كلية مثل التجارة والآداب والحقوق حصلت على الجودة، وجميعها كليات تحتاج إلى جودة حقيقية.