يتمتع رئيس الجمهورية بعدة اختصاصات أمام محاكم أمن الدولة، وفق نصوص مواد قانون الطوارئ، بعدما أصدر الرئيس عبدالفتاح السيسي، قرارًا جمهوريًا، بإعلان حالة الطوارئ في البلاد مدة 3 أشهر، اعتبارًا من الواحدة صباح اليوم الخميس. ووفقًا لنصوص مواد قانون الطوارئ يتمتع رئيس الجمهورية ب 7 اختصاصات وهي.. أولًا: لا يجوز الطعن في الأحكام الصادرة من محاكم أمن الدولة، ولا تكون هذه الأحكام نهائية إلا بعد التصديق عليها من رئيس الجمهورية. ثانيًا: يجوز لرئيس الجمهورية حفظ الدعوى قبل تقديمها إلى المحكمة ثالثًا: يجوز له الأمر بالإفراج المؤقت عن المتهمين المقبوض عليهم قبل إحالة الدعوى إلى محكمة أمن الدولة. رابعًا: يجوز للرئيس عند عرض الحكم عليه تخفيف عقوبة المحكوم بها أو يبدل بها عقوبة أقل منها أو أن يلغى كل العقوبات أو بعضها أياً كان نوعها أصلية أو تكميلية أو تبعية أو أن يوقف تنفيذ العقوبات كلها أو بعضها. خامسًا: يجوز لرئيس الجمهورية إلغاء الحكم مع حفظ الدعوى أو مع الأمر بإعادة المحاكمة أمام دائرة أخرى، وفى هذه الحالة الأخيرة يجب أن يكون القرار مسببًا. سادسًا: إذا صدر الحكم بعد إعادة المحاكمة بالبراءة؛ وجب التصديق عليه في جميع الأحوال وإذا كان الحكم بالإدانة جاز لرئيس الجمهورية إلغاء العقوبة أو تخفيفها أو وقف تنفيذها وفق ما هو مبين في الفقرة الأولى أو إلغاء الحكم مع حفظ الدعوى. سابعًا: يجوز للرئيس بعد التصديق على الحكم بالإدانة أن يلغي الحكم مع حفظ الدعوى أو أن يخفف العقوبة أو أن يوقف تنفيذها، وذلك كله ما لم تكن الجريمة الصادرة فيها الحكم جناية قتل عمد أو اشتراك فيها. وتنص المادة 154 من الدستور على أن: "يعلن رئيس الجمهورية بعد أخذ رأي مجلس الوزراء حالة الطوارئ، على النحو الذي ينظمه القانون، ويجب عرض هذا الإعلان على مجلس النواب خلال الأيام السبعة التالية ليقرر ما يراه بشأنه، وإذا حدث الإعلان في غير دور الانعقاد العادي، وجب دعوة المجلس للانعقاد فورًا للعرض عليه، وفي جميع الأحوال تجب موافقة أغلبية عدد أعضاء المجلس على إعلان حالة الطوارئ، ويكون إعلانها لمدة محددة لا تجاوز ثلاثة أشهر، ولا تمد إلا لمدة أخرى مماثلة، بعد موافقة ثلثي عدد أعضاء المجلس، وإذا كان المجلس غير قائمًا، يُعرض الأمر على مجلس الوزراء للموافقة، على أن يعرض على مجلس النواب الجديد في أول اجتماع له، ولا يجوز حل مجلس النواب أثناء سريان حالة الطوارئ".
