في ظل إقرار حالة الطوارئ التي أعلن الرئيس عبد الفتاح السيسي مدة فترة العمل بها ل 3 أشهر إضافية اعتبارًا من 13 يناير الجاري؛ نظرًا ل "الظروف الأمنية الخطيرة التي تمر بها البلاد"، فإن رئيس الجمهورية يتمتع بعدة اختصاصات أمام محاكم أمن الدولة، والتي يتمتع بها وفق نصوص مواد قانون الطوارئ. ووفقًا لنصوص مواد قانون الطوارئ يتمتع رئيس الجمهورية ب 7 اختصاصات: الأول- لا يجوز الطعن بأي وجه من الوجوه في الأحكام الصادرة من محاكم أمن الدولة ولا تكون هذه الأحكام نهائية إلا بعد التصديق عليها من رئيس الجمهورية. ثانيًا- يجوز لرئيس الجمهورية حفظ الدعوى قبل تقديمها إلى المحكمة. ثالثًا- يجوز له الأمر بالإفراج المؤقت عن المتهمين المقبوض عليهم قبل إحالة الدعوى إلى محكمة أمن الدولة. ورابع اختصاصات رئيس الجمهورية أنه يجوز للرئيس عند عرض الحكم عليه أن يخفف العقوبة المحكوم بها أو يبدل بها عقوبة أقل منها أو أن يلغى كل العقوبات أو بعضها أيا كان نوعها أصلية أو تكميلية أو تبعية أو أن يوقف تنفيذ العقوبات كلها أو بعضها. وخامسًا- يجوز لرئيس الجمهورية إلغاء الحكم مع حفظ الدعوى أو مع الأمر بإعادة المحاكمة أمام دائرة أخرى، وفى هذه الحالة الأخيرة يجب أن يكون القرار مسببا. وسادسًا- إذا صدر الحكم بعد إعادة المحاكمة قاضيًا بالبراءة وجب التصديق عليه في جميع الأحوال وإذا كان الحكم بالإدانة جاز لرئيس الجمهورية إلغاء العقوبة أو تخفيفها أو وقف تنفيذها وفق ما هو مبين في الفقرة الأولى أو إلغاء الحكم مع حفظ الدعوى. وسابع اختصاصات رئيس الجمهورية أنه يجوز للرئيس بعد التصديق على الحكم بالإدانة أن يلغي الحكم مع حفظ الدعوى أو أن يخفف العقوبة أو أن يوقف تنفيذها، وذلك كله ما لم تكن الجريمة الصادرة فيها الحكم جناية قتل عمد أو اشتراك فيها. وتنص المادة 154 من الدستور على أن: "يعلن رئيس الجمهورية بعد أخذ رأى مجلس الوزراء حالة الطوارئ، على النحو الذي ينظمه القانون، ويجب عرض هذا الإعلان على مجلس النواب خلال الأيام السبعة التالية ليقرر ما يراه بشأنه، وإذا حدث الإعلان في غير دور الانعقاد العادي، وجب دعوة المجلس للانعقاد فورا للعرض عليه، وفى جميع الأحوال تجب موافقة أغلبية عدد أعضاء المجلس على إعلان حالة الطوارئ، ويكون إعلانها لمدة محددة لا تجاوز ثلاثة أشهر، ولا تمد إلا لمدة أخرى مماثلة، بعد موافقة ثلثي عدد أعضاء المجلس، وإذا كان المجلس غير قائم، يعرض الأمر على مجلس الوزراء للموافقة، على أن يعرض على مجلس النواب الجديد في أول اجتماع له، ولا يجوز حل مجلس النواب أثناء سريان حالة الطوارئ".
