قال الدكتور محمد سليم العوا الأمين العام للمجلس العالمي لعلماء المسلمين إننا نري منذ عام 2003 تطوراً سلبياً وهبوطاً في العلاقة بين المسلمين والأقباط، منذ قضية وفاء قسطنطين، مؤكداً أن وفاء قسطنطين مسلمة وأي كلام للأنبا بيشوي أو غيره بخلاف ذلك فهو كلام باطل وجميع الجلسات التي عقدها الرهبان والقساوسة معها لم تسفر عن شيء وظلت علي إسلامها. وأضاف العوا في برنامج «بلا حدود» علي قناة الجزيرة مع الإعلامي أحمد منصور أن الدولة ضعيفة أمام الكنيسة لأنها ضعيفة بشكل عام، فهي مع القهر والديكتاتورية والفساد وتلوي ذراعها وتنازلت عن بعض استبدادها للكنيسة لتتعامل به مع المتحولين للإسلام. وتابع العوا أن السلاح الذي يأتي به القبطي ويخزنه في الكنيسة لا معني له إلا أنه يستعد لاستخدامه ضد المسلمين وتصريح الأنبا بيشوي بأننا مستعدون للاستشهاد إذا أراد أحد إخضاع الكنيسة لا يعني الاستشهاد إلا أن تكون هناك حرب، مضيفاً أن قضية ضبط الأسلحة الواردة للكنيسة لم يتحدث عنها أحد ولم تذكر في الإعلام، وأن التحقيقات التي تمت مع نجل الكاهن بطرس الجبلاوي في واقعة جلبه أسلحة من إسرائيل لم تنتشر إلي خبر مقتضب في إحدي الصحف ولم تتم متابعتها بعد ذلك، مؤكداً أن هذه الحالة من الجبن تسهم في إحداث الحرب التي يستعد لها الأنبا بيشوي. من ناحية أخري أكد نجيب جبرائيل المستشار القانوني للكنيسة القبطية ورئيس الاتحاد المصري لحقوق الإنسان أنه سيقوم برفع دعوة قضائية ضد قناة الجزيرة بعد استضافتها الدكتور محمد سليم العوا خلال برنامج «بلا حدود» نظراً لما اعتبره تصريحات وصفها بالتحريضية ضد الكنيسة والدولة، مؤكداً أن البرنامج مليء بالمغالطات التي تصل إلي حد اتهام الكنيسة بالخيانة العظمي، حيث أكد المذيع وضيفه أن الأديرة والكنائس مليئة بالأسلحة والذخائز. وأضاف أن الحلقة تضمنت أيضاً اتهامات للكنيسة بأنها تخفي المتنصرات وتخطف وتعذب الذين يشهرون إسلامهم، وأن الكنيسة تستقوي بالخارج، واتهم الدولة بالضعف وتنازلها عن استبدادها لصالح الكنيسة، التي تجري صفقة مع الدولة بحيث تؤيد التوريث مقابل تحقيق منافعها، مؤكداً أن الأسلحة والذخائر تأتي للكنيسة عبر سفينة من إسرائيل.