شنت "الجماعة الإسلامية"، هجوما عنيفا على الأزهر، واتهمته بالتخاذل عن نصرة ومساندة الدكتور عمر عبد الرحمن، الذي كان يعمل أستاذا بها، أو محاولة التخفيف عنه، أو رفع الظلم الواقع عليه في السجون الأمريكية، التي يقضي بها عقوبة السجن المؤبد في تهم اعتبرتها الجماعة "ملفقة ومفبركة". وكان عبد الرحمن الذي يمضي عقوبة السجن مدى الحياة بالولاياتالمتحدة، على خلفية تفجير مركز التجارة العالمي عام 1994 شكا في الآونة الأخيرة من تدهور صحته، نتيجة الإهمال وعدم الرعاية الصحية، بعدما أصيب مؤخرا بسرطان البنكرياس إلى جانب مرضه بالقلب والضغط والسكر والصداع المزمن، ولا يستطيع التحرك إلا على كرسي متحرك. وفي المقابل، أشادت الجماعة بالدكتور يوسف القرضاوي رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين ودولة قطر، لبذلهما جهودا مخلصة لنقل الشيخ عمر عبد الرحمن من محبسه، بعد أن كانا قد توصلا إلى اتفاق يقضي بنقله لقضاء تبعية عقوبته في قطر، وقدمت حكومة قطر تعهدا بوضع الشيخ الضرير تحت الإقامة الجبرية وتحديد إقامته. لكن إدارة الرئيس الأمريكي جورج بوش نكصت وعودها، ولم تنفذ الاتفاق، رغم أنها كانت المستفيد الأكبر منه، خاصة وأن ذلك كان سيساهم في تحسين وتبييض وجه الولاياتالمتحدة القبيح لدى العرب والمسلمين، كما قالت الجماعة. وهاجمت، إدارة الرئيس بوش واتهمته بشن حرب شعواء وظالمة ضد المسلمين والعرب، بذريعة ممارسة الإرهاب، معتبرة أن الأزمة الاقتصادية العالمية التي تواجهها الولاياتالمتحدة "بلاء من الله لهذه الإدارة الحمقاء في أيامها الأخيرة". وأكد الدكتور ناجح إبراهيم القيادي البارز ب "الجماعة الإسلامية"، أن الجماعة تسعى إلى تحريك قضية مرشدها الروحي الرحمن بالطرق السلمية حتى يتم الإفراج عنه ويعود لقضاء فترة عقوبته في وطنه خاصة وأنه في الأيام الأخيرة من عمره، موضحا أن مصر ترحب باستقبال الدكتور عمر شريطة أن تقوم السلطات الأمريكية بالإفراج عنه. وكشف ناجح أن الشيخ الضرير يتعرض حاليا وبصفة يومية للتفتيش الذاتي من حراسه الأمريكيين كلما كان داخلا أو خارجا من زنزانة الانفرادية، حيث تم عزله عن بقية السجناء العرب والمسلمين الذين تم محاكمتهم معه في نفس القضية التي سجن بسببها، كما يمارس الحراس الأمريكيون معه أبشع أنواعه المضايقات غير الإنسانية ضده. يذكر أن الشيخ عمر كان يعمل أستاذًا للفقه والشريعة بكلية أصول الدين جامعة الأزهر فرع أسيوط، وألقي القبض عليه بعد اغتيال الرئيس الراحل أنور السادات في أكتوبر 1981. وكان المتهم الأول في قضية تنظيم الجهاد الكبرى في عام 1981م، حيث اتهم آنذاك بأنه الذي أفتى لكل من خالد الأسلامبولي ومحمد عبد السلام فرج وعطا طايل وحسين عباس منفذي عملية اغتيال الرئيس السادات. وقد دافع أمام المحكمة عن نفسه وقتذاك وعن المئات من المتهمين في هذه القضية وتم تدوين هذه المرافعة في كتاب يحمل اسمه بعنوان "كلمة حق".