على الرغم من أنه لم يكن رأي الدكتور محمد عمارة، إلا أن هيئة التحرير الجديدة لمجلة الأزهر سرعان ما تبرأت مما نسب إلى المفكر الإسلامي قبل استقالته من رئاسة تحرير المجلة، بوصف المسيحية ب "الديانة الفاشلة". وكان عمارة تعرض لحملة هجوم خلال الفترة الأخيرة، بعد أن تضمن كتاب (دراسات غربية تشهد لتراث الإسلام) الذي وزع مع مجلة الأزهر في عددها الصادر عن شهر شعبان آراء لمستشرقين غربيين تضمنت إشادات بالإسلام، بينما ذهب البعض إلى انتقاد المسيحية. وتحت عنوان "فشل المسيحية في الشرق الأوسط" جاء بالكتيب، أن "الجانب المهم في إنجاز الإسلام في الشرق الأوسط هو أنه حل محل المسيحية وأن السبب الجوهري لذلك هو الضعف الداخلي للمسيحية أو كون بذور الضعف في قلب المسيحية". وتلقى النائب العام، المستشار هشام بركات، بلاغًا من المحامي القبطي نجيب جبرائيل، ضد عمارة، يتهمه فيه بإهانة المسيحية، ووصفها ب "الفاشلة". وقال المركز الإعلامي للأزهر الشريف إن "ما ورد في كتاب من عبارة أثارت الجدل، إنما هي عبارة قالها المستشرق مونتجومري وات في كتابه "الإسلام والمسيحية في العصر الحاضر"، الذي نشرته مكتبة الأسرة والهيئة المصرية العامة للكتاب (سنة 2001م)، وأُعِيدت مقتطفات منه في الكتاب الملحق بمجلة الأزهر". وشدد على أن "هذا الرأي الذي ذهب إليه المستشرق البريطاني لا يُعبِّرُ عن مجلة الأزهر الشريف". وكان الدكتور محمد عمارة أعلن في وقت سابق هذا الأسبوع استقالته من رئاسة تحرير مجلة الأزهر، رافضًا التعليق على البلاغات والحملة ضده. وقال في تصريحات إنه قدم استقالته من منصبه بمجلة الأزهر بعد أربع سنوات من توليه موقعه، وأن سبب الاستقالة رغبته في التفرغ لمشروعه الفكري. وجاء في نص الاستقالة التي انفردت "المصريون" بنشرها أمس، والتي تعود إلى 3يونيو الجاري: بسم الله الرحمن الرحيم فضيلة الإمام الأكبر، أد. أحمد الطيب، شيخ الأزهر، حفظه الله ورعاه سلام الله عليكم ورحمته وبركاته .. وبعد ،،، فلقد مَضَت أربعُ سنواتٍ، حملتُ فيها أمانة "مجلة الأزهر" .. وبعون الله وتوفيقه : بلغت المجلةُ، في التألق والازدهار، فكراً وانتشاراً، ما لم تَبْلُغه في تاريخها العريق الذي يُقارِبُ الآن تسعين عاماً .. بل وتحولت إلى "مؤسسة تنويرية"، قدمت للقارئ "خمسين كتاباً" مختارةً من روائع الفكر الإسلامي : الذي يعالج مشكلات العصر، ويواجه تحديات الواقع المعيش .. ولَمَّا كنتُ قد أعطيتُ "مجلة الأزهر"، طوال هذه السنوات الأربع، كلَّ جهدي ووقتي، فإنني أطلبُ من فضيلتكم السماحَ لي بتسليم هذه الأمانة؛ كي أعودَ إلى "مشروعي الفكري" الذي نَذَرْتُ له كلَّ عمري .. راجياً ل "مجلة الأزهر" المزيدَ والمزيدَ من التألق والازدهار والانتشار .. وداعياً اللهَ سبحانه وتعالى أن يهيئ لنا جميعاً مِن أمرِنا رَشَداً".