استنكرت جماعة "الإخوان المسلمين" ما وصفتها بمحاولات تشويه الجماعة وفكرها ومنهجها وإلصاق العنف بها، قائلة إن كل ذلك سينتهي إلى الفشل ولن يتخلوا عن سلميتهم وقال محمد منتصر، المتحدث باسم الجماعة في بيان أصدره: "طالعتنا وزارة داخلية النظام بتصريح جديد ضمن مجموعة من التصريحات التي لاتوصف إلا بأنها تنتمي إلى روايات الخيال العلمي". وكانت وزارة الداخلية اتهمت جماعة "الإخوان المسلمين" بأنها تخلت عن سلمية الحركة، متهمة قيادات بالجماعة خارج البلاد، ب "تعديل المنهاج الفكري بهدف ربط ودمج باقي التنظيمات التكفيرية الإرهابية تحت قيادة التنظيم الإخواني". وفي بيان صادر أمس، قال المتحدث باسم الوزارة، هاني عبد اللطيف: "توافرت معلومات لقطاع الأمن الوطني وتوصلت التحريات إلى اتفاق قيادات تنظيم الإخوان الإرهابي الهاربة خارج البلاد في أعقاب ضبط العديد من قيادات التنظيم وإحالتهم للقضاء في قضايا العنف والإرهاب، على تعديل المنهاج الفكري لأعضاء التنظيم الإخواني داخل البلاد". وأضاف أن التعديلات التي أجرتها القيادات على المنهاج الفكري للإخوان جاءت "لتتناسب مع طبيعة المرحلة التي يمر بها التنظيم والتخلي رسمياً عن سلمية الحركة بهدف ربط ودمج باقي التنظيمات التكفيرية الإرهابية تحت قيادة التنظيم الإخواني". واعتبر المتحدث باسم "الإخوان" أن "اتهامات الداخلية للجماعة بانتهاج العنف بعد بدء القبض على قياداتها، يعد اعترافًا بالقتل والغدر بشكل صريح، ويدل على أن القبض على قيادات الجماعة كان بهدف الانقلاب على الرئيس الشرعي (في إشارة إلى الرئيس الأسبق محمد مرسي) وليس لما تزعمه من انتهاج الجماعة للعنف، واعتراف بسلمية الاعتصامات بالميادين". وأبدى منتصر رفضه لاتهام الوزارة جماعة الإخوان بالتحول عن السلمية والانضمام إلى جماعات مسلحة، على الرغم من أن تلك الجماعات تقوم بسب الإخوان وأنصار الشرعية بسبب منهجهم السلمي. ودلل على أن "بعض تلك الجماعات تكفر الإخوان من الأساس وهو ما يكشف بوضوح ضحالة فكر القائمين على وزارة داخلية". وأشار إلى أن المحاولات التي وصفوها ب"البائسة" من النظام لتشويه الجماعة وفكرها ومنهجها وإلصاق العنف بها "ستنتهي إلى الفشل من جديد كما سبق في كافة عهود الطغيان والاستبداد". وقال إن "منهج الجماعة واضح للكافة وإن سلميتهم لن يتخلوا عنها، ونضالهم الثوري مستمر ولن يتراجع حتى يتحقق النصر وينكسر "الانقلاب" ويتم تطهير هذا الوطن من الفساد والاستبداد ونهدم قلاع الطغيان"، بحسب تعبيره. وتتهم السلطات المصرية جماعة الإخوان المسلمين دائما بأنها تقف خلف زرع القنابل، ورغم إعلان عدة جهات تبنيها مثل هذه الأعمال مثل جماعة "أجناد مصر»، إلا أن السلطات تعتبرها فرعًا من الجماعة، وهو ما تنفيه الأخيرة دائما في بياناتها وتؤكد تمسكها بالنهج "السلمي". وفي 25 ديسمبر 2013، قررت الحكومة المصرية إعلان جماعة الإخوان "تنظيمًا إرهابيًا"، عقب هجوم استهدف مديرية أمن محافظة الدقهلية، وهو الهجوم الذي اتهمت الحكومة جماعة الإخوان بالوقوف وراءه رغم نفي الأخيرة لذلك، وتبني المسؤولية عنه جماعة أنصار بيت المقدس، الذي غيرت اسمها لاحقا ل "ولاية سيناء" بعد إعلان مبايعتها "تنظيم الدولة".