نفى الدكتور محمد الفضيل القوصى وزير الأوقاف، وجود أزمة بين الوزارة والجماعات السلفية، مؤكدا إنه لم تصدر عنه أي تصريحات حول تبني الوزارة خطة لاستعادة المساجد التى سيطر عليها السلفيون. وأكد أنه لا صحة لما أثير عن وجود أزمة بين وزارة الأوقاف والجماعات السلفية، أو اعتزام الوزارة إرسال بعض العاملين بها لمساندة أئمة تلك المساجد، أو وجود اتجاه لإرسال أفراد أمن إلى المساجد لإعداد تقارير حول عمل الدعاة. واعتبر أن ما ادعته بعض الصحف بأنه سيرسل أفراد أمن لكتابة تقارير ومراقبة عمل الدعاة، محاولة للوقيعة بينه وبين أبنائه من الدعاة، مؤكدًا رفضه تدخل الأمن فى عمل الدعاة الذى يكن لهم كل احترام وتقدير. وناشد القوصي وسائل الإعلام مراعاة ظروف الوطن في هذه المرحلة التى لا تحتمل مزيدا من البلبلة والإثارة على حساب أمنه واستقراره. وكانت تقارير إعلامية زعمت أن وزارة الأوقاف وضعت خطة لاستعادة المساجد التى سيطر عليها السلفيون من الوزارة، وأنها اشتملت على عدة عناصر، منها تصفية الخلافات بين وكلاء وزارة الأوقاف ومديري المديريات، حتى يتسنى العمل بروح الجماعة، وللعمل بيد واحدة لاستعادة السيطرة على تلك المساجد. وبحسب تلك التقارير، فإن الخطة استملت على ضرورة مساندة أئمة تلك المساجد من خلال إرسال الوزارة عدد من العاملين بالمساجد لمساندة الإمام فى الصعود على المنبر، إذا منع من ذلك وحتى يشعر الآخرون أن الوزارة تقف بجانب الأئمة وأنها لن تتركهم وحدهم. وتشتمل الخطة المزعومة أيضا على تكثيف مرور مفتشي الوزارة على تلك المساجد لمساندة الإمام ومن أجل مراقبة سير عمل الإمام ووجهاته، حيث أن الوزارة تعانى أيضا من اعتناق بعض دعاتها للفكر السلفي الإخواني .