وجه عدد من قيادات "الإخوان المسلمين" اتهامات إلى صحيفة "المصري اليوم" بانتهاك قواعد المهنية الصحفية من خلال التعامل مع تحريات مباحث أمن الدولة في قضية الإخوان الذين اعتقلوا مؤخرا، باعتبارها معلومات مؤكدة، فضلا عن التوقيت "المريب" لنشر نصوص التحقيقات مع الإخوان الذين اعتقلوا عام 1965. واتهم المهندس سعد عصمت الحسيني عضو مكتب الإرشاد، الجريدة بأنها باتت الأداة الإعلامية للحملة الأمنية التي تعرضت لها الجماعة في الآونة الأخيرة من أجل تشويه صورتها أمام الرأي العام، مبديا أسفه لمشاركتها بهذا الشكل العلني أو حتى الضمني في تلك الحملة، مشددا على أن جماعة الإخوان ضد التكفير والعنف منذ أن نشأت وحتى الآن، فمبدأ الجماعة في نبذ العنف أصيل. وأكد أنه كان يتوجب على ناشر تلك التحقيقات أن يشير إلى الأجواء التي شهدتها تلك الأحداث من تعذيب وإرهاب وقتل، حيث قتل العشرات من الإخوان خلالها، وكان وكلاء النيابة يحققون مع المتهمين بالسجون، حيث كان التحقيق يجرى في خيمة، بينما الخيمة المجاورة كانت غرفة للتعذيب لإجبار المتهمين على الإدلاء بأقوال تدينهم. وأضاف أن هذه الأجواء كان من المفترض أن يتم توضيحها للقراء ضمن تلك الوثائق المنشورة كي يعلم الجميع أن هذه الاعترافات جاءت للهرب من التعذيب، ورأى في نشرها في هذا التوقيت يتوافق مع السياق الأمني الظاهر في التحريات التي تتضمنها محضر التحقيقات مع قيادات الجماعة الذين تم اعتقالهم أخيرا والتي أشير فيها إلى التكفير والقطبيين. أما جمعة أمين عضو مكتب الإرشاد فوصف هذا الأمر بأنه غير أخلاقي وغير منصف، لا من الناحية الموضوعية أو الأخلاقية، وقال لا يمت بأي صلة بمواثيق الشرف الصحفية، واعتبر نشر التحقيقات يأتي في سياق الحرب الضروس ضد جماعة الإخوان لكنه قال إنها لا تزيد الجماعة إلا استمساكا بالطريق، ولم يستبعد وجود تنسيق أمني من الدرجة الأولي مع تلك الجرائد قبل القبض علي قيادات الجماعة وبعدها. وسخر من وصف نصوص التحقيقات في قضية 1965 بالوثائق التاريخية التي كان السجن الحربي شاهدا عليها حيث كان صلاح عيسي أحد قاطنيه بجانب عنابر الإخوان هو ومجموعة من الشيوعيين، وتساءل: أليس من العيب أن تسمى هذه الفضائح بالوثائق وهو يعلم علم اليقين كيف تم اعترافنا فيها؟، مشيرا إلى تعرض الإخوان المعتقلين للإكراه لإجبارهم على الاعتراف بالاتهامات المنسوبة إليهم، مدللا بأن الرسول صلي الله علية أجاز للصحابي أن ينطق بكلمة الكفر إلا من أكره وقلبه مطمئن بالإيمان ونزلت في ذلك آية تجيز ذلك للهروب من التعذيب رغم أنه كان أقل وطأ بما وصفه ب "الفُجر" في التعامل مع المعتقلين عام 1965، فقد كان يحقق معهم عراة كيوم ولدتهم أمهاتهم. في حين اعتبر الدكتور محمد جمال حشمت القيادي الإخواني، نشر تحريات مباحث أمن الدولة على أنها مذكرات تحقيقات للنيابة والتعامل معها على أنها حقيقة بأنه يعد "نوعًا من التدليس المفضوح"، متهما الجريدة بأنها لم تكن أمينة في تقاريرها المنشورة عن التحقيقات مع قيادات الإخوان، لأنها لم توضح ظروف ما حدث آنذاك، إلي جانب أن توقيت نشرها "مريب"، لكن قال إن هذا الأمر معتاد سواء من "المصري اليوم" أو من صلاح عيسي، الذي قال إن مهمته ومصدر رزقه هو التشنيع على الجماعة وسبها. من جانبه، اتهم ممدوح إسماعيل محامي الجماعات الإسلامية جريدة "المصري اليوم" بأنها تحولت إلي أداة إعلامية تخدم المخططات الأمنية للنظام وتهيئ الرأي العام للضربات الأمنية التي توجه للإخوان وغيرهم من الإسلاميين، وقال إن ذلك جاء في إطار اتفاق أمني، مشيرا إلى توصيفها للدكتور محمود عزت نائب المرشد بأنه قطبي وأنه سيعي لتجيش الجماعة قبل القبض عليه بشهور. واستنكر قيام الجريدة في أعقاب القبض على قيادات الجماعة بنشر قضية قديمة للدكتور محمد بديع مرشد الإخوان ونشرها تحقيقات النيابة مع الإخوان الذين اعتقلوا مؤخرا فيما وصفه بأنه "شيء غير أخلاقي"، خاصة مع التعذيب البشع والاضطهاد الذي سطر في أحكام المحاكم وانتزاع اعترافات بالإكراه والتعذيب، ورأى في نشر أجزاء من هذه الملفات بأنها مسألة غير أخلاقية وتعد مسوغا وتبريرا للظلم والاستبداد ويشوه صورة الإخوان رغم إستراتجيتهم السلمية في معارضة النظام.
