كشفت برقيتان من السفارة الأمريكية فى القاهرة عن لقاء قام به البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، فى مصر مع مسئولين أمريكيين وصف فى إحداها الرئيس المصرى السابق بأنه “معتدل” ولا يمثل تهديدا للمسيحيين المصريين فى حين أن الأنبا شنودة رأى أن مفتى جمهورية مصر العربية على جمعة “شخص متطرف” كما نعت جماعة الإخوان المسلمين بالشىء نفسه. ونقل موقع ويكيليكس، الذى كان أول من أورد البرقيتين الصادرتين من السفارة المصرية بالقاهرة عامى 2007 و 2008، نقل عن المسئولين الأمريكيين قولهم إن الأنبا شنودة، الذى يشغل منصب بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية وسائر بلاد المهجر، إنه قد وصف مفتى الديار المصرية الشيخ على جمعة بالتطرف وقال إنه لا تجمعه به علاقة قوية. وقالت البرقية:”يعتقد الأنبا أن شيخ الأزهر محمد سيد طنطاوى ووزير الأوقاف المصرية حمدى زقزوق “معتدلان ومحترمان” ولكن مفتى الديار المصرية الشيخ على جمعة، على عكس هؤلاء، وأنه “مختلف للغاية". ونقلت البرقية الثانية عن اللقاء الذى جمع السفيرة الأمريكية للقاهرة فى حينها مارجريت سكوبى، مع البابا شنودة بتاريخ 20-مايو- 2008 أن البابا شنودة قال إن وصف المتطرفين المسلمين ينطبق على جماعة الإخوان المسلمين وعلى مفتى البلاد على جمعة رغم تعينه من قبل الحكومة. وقالت البرقية إن الأنبا شنودة قال فى ذلك الوقت إن لدى على جمعة ميول”للتصدى للأمور الشاذة والتافهة”. ووفق تسريبات ويكيليكس، قال شنودة للدبلوماسيين الأمريكيين أن على جمعة “مثير للجدل” وأنه أصدر فتاوى غريبة، وأشار فى حديثه إلى فتوى جمعة تتعلق بقدسية بقول الرسول محمد "صلى الله عليه وسلم" وفتوى أخرى للمفتى قال فيها إن الذباب إذا حط على طعام المسلم جاز أكله طالما أن جناحى الذبابة لامسا الطعام، وقال الأنبا شنودة، حسب ما نقلته البرقية عنه، أن على جمعة أصدر تلك الفتوى الأخيرة وفق تقليد يعود للرسول قال فيه، بحسب شنودة نفسه، إن إحدى أجنحة الذبابة ملوثة والجناح الآخر طاهر. كما أشار شنودة إلى مقابلة قام بها المفتى المصرى على مع مجلة نيوزويك فى 22 يوليو 2008 قال فيها إن الارتداد عن الإسلام مسموح به، وعلق الأنبا شنودة بقوله إن هذا الكلام “مخادع” لقول على جمعة فى نفس الوقت “إن الارتداد ذنب عظيم” ولقول على جمعة بضرورة احتواء أى نوع من التوتر الاجتماعى. واتهم شنودة الحكومة المصرية فى حينها بأنها تتساهل مع جماعة الإخوان المسلمين على وجهة التهديد. وقال، وفق البرقية، رقم 07CAIRO2332:”تبدو الحكومة وكأنها لا تريد مواجهة أيديولوجية الإخوان المسلمين على المستوى الدينى”. ودلل الأنبا شنودة بذلك على إن الحكومة المصرية تلجأ إلى الصلح العرفى فى حالة الاعتداء على المسيحيين. وجاءت البرقيتان لتؤكدا أن الأنبا شنودة يرى تهديدا ضد المسيحيين المصريين من جماعة الإخوان المسلمين.. وبحسب البرقية:”وصف شنودة الإخوان المسلمين بأنهم متطرفون وقال إن المنظمة ضد المسيحيين.. ووفق شنودة فان الإخوان تعتزم الحكم بالشريعة الإسلامية ولكن فقط حسب نسختهم من الشريعة وقال شنودة أن الإخوان المسلمين يصفون المسيحيين بأنهم غير مؤمنين وكذلك المسلمون الذين لا يشتركون معهم فى نفس رؤيتهم للقانون الإسلامى”. يذكر أن البرقيتين تعودان لعامى 2007 و 2008 على التوالى.