استجاب مبارك لمطالب الجماهير المحتشدة في الميادين وتخلي عن الحكم وفوض المجلس الأعلي للقوات المسلحة بإدارة شئون البلاد في 11 فبراير عام 2011 بعد علمه بأن هذا هو الرأي الذي تم الوصول إليه خلال الاجتماع الأول للمجلس الأعلي للقوات المسلحة الذي انعقد دون علمه وأعلن انحيازه لمطالب الجماهير. انهارت الشرطة وأجهزتها المعلوماتية وغرق اللواء عمر سليمان في مشاكل القصر الرئاسي ورصد ردود الأفعال الخارجية وأصبحت المخابرات الحربية هي المصدر الوحيد للمعلومات من داخل الميادين المحتجة وكانت لتقارير اللواء عبدالفتاح السيسي مدير المخابرات الحربية في ذلك الوقت الكلمة العليا فهو أول من أخبر المشير طنطاوي بأن نظام مبارك لم يعد لديه فرصة وأن الجماهير لديها تصميم علي عدم استمراره وأن الوسيلة الوحيدة للحفاظ علي كيان الجيش والدولة هي تخلي الرئيس عن الحكم الأمر الذي دفع طنطاوي إلي الانحياز لمطالب الجماهير. ومثلما كانت تقارير السيسي هي كلمة الفصل في موقف الجيش وتخلي «مبارك» عن الحكم تسببت أيضا في الاتجاه نحو جماعة الإخوان المسلمين للترتيب لمرحلة ما بعد مبارك حيث كانت تتحدث طيلة أيام الثورة عن أن الإخوان هو الفصيل الوحيد المُنظم داخل الميادين ويمكن التحدث معهم ولديهم سيطرة كاملة علي عناصرهم الذين يتحكمون في سير الأحداث. الأمر الذي دفع طنطاوي الذي كانت لديه رغبة في وقف قطار الثورة عند محطة التخلص من مبارك وإلغاء مشروع التوريث ومعاقبة رجال جمال مبارك علي تجاوزاتهم وتخطيهم للخطوط الحمراء في حق المؤسسة العسكرية. التقت مطالب طنطاوي ومصالح الإخوان المسلمين عند وقف قطار الثورة استنادا علي تقارير المخابرات الحربية وتم تشكيل اللجنة الإخوانية لتعديل الدستور وطرح التعديلات للاستفتاء بموافقة الطرفين في ظل معارضة كل القوي الأخري وبمرور الترتيبات التي تم الاتفاق عليها بين المجلس الأعلي للقوات المسلحة والإخوان المسلمين من استفتاء وانتخابات برلمانية كانت الهوة تتسع بين المجلس العسكري والقوي السياسية الأخري ويزداد تقاربه مع الإخوان المسلمين لمساندته داخل الميادين، وحدد الإخوان الدوائر الانتخابية وطريقة الانتخاب ووافق عليها المجلس العسكري في ظل وعود مؤكدة بأنهم لن يتقدموا بمرشح لرئاسة الجمهورية بدعوي أن الظروف الخارجية والداخلية لا تسمح لهم بذلك في الوقت الحالي وهو ما دفع طنطاوي إلي مسايرتهم والموافقة علي كل مطالبهم طالما أن الرئيس القادم سيكون من خارج الإخوان ويمكنه التحكم في وضع الدستور الجديد أو إعادة الدستور القديم للعمل. نجح الإخوان في الفصل بين الجيش والشارع لتخرج المظاهرات المطالبة بسقوط حكم العسكر وترفض القوي الثورية الجلوس مع المجلس العسكري ليجد نفسه في مواجهة دون ظهير جماهيري وثوري مع الإخوان المسلمين وبعض الفصائل السلفية المتحالفة معهم لينتهي الأمر بالدكتور محمد مرسي رئيسا للجمهورية والفريق أول عبدالفتاح السيسي وزيرا للدفاع لتبدأ مرحلة جديدة من الصراع للحفاظ علي الدولة المصرية وتماسك جيشها الذي يسعي إلي تأييد الشعب بكل الطرق والوسائل ولن يحول دون تحقيقه لمطالبه وهو ما حدث في بورسعيد والإسماعيلية والسويس وأمام قصر الاتحادية.