شنت العديد 66 المنظمات الحقوقية هجومًا كبيرًا على جماعة الإخوان المسلمين واتهمتها بالتسبب في حالة العنف والفوضى بالشارع، معتبرة أن ما حدث بعد فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة كان مدبرًا من قبل قيادات الجماعة. من جانبها، أكدت 34 منظمة حقوقية في بيان لها بات من الواضح أنه خلال فترة امتدت لأكثر من 45 يوماً هي فترة اعتصامي رابعة والنهضة، أن الجماعة كانت طوال الوقت تقوم بالاستعداد لإطلاق عملية "عصيان مسلح" في البلاد، يهدف إلى إسقاط السلطة القائمة من خلال أعمال العنف المسلح الذي تقوم به الجماعات الإرهابية في سيناء. وحاولت الحكومة عبثاً أن تصل إلى تفاهمات سياسية مع قيادات الجماعة، إلا أنه كان من الواضح أن الجماعة تتمسك بعودة عقارب الساعة إلى وراء ما قبل 30 يونيو 2013 واستعادة سيطرتها على الحكم مهما كان الثمن، ومهما كانت التضحيات المقدمة. وأكدت المنظمات أن اندلاع أحداث العنف بشكل واسع شمل معظم أنحاء البلاد بعد فض الاعتصام، يكشف بوضوح عن وجود "مخطط كامل ومدروس" لإثارة الرعب والفوضى في البلاد وإظهار أن الدولة "فاشلة" و"عاجزة" كما أدانت العنف بجميع أشكاله وصوره، والتفرقة بين عنف "الجماعات الإرهابية" الذي يريد إشاعة الفوضى بالبلاد ويروع المواطنين الأمنيين وبين الاستخدام المفرط للقوة أحياناً من قبل الدولة أثناء التصدي لأعمال العنف المسلح من قبل تلك الجماعات.. فالأول بمثابة جريمة مكتملة الأركان بحق الوطن والشعب المصري كله، أما الثاني فيقع في إطار الأخطاء والتجاوزات التي يجب أن ننبه إليها ونطالب الدولة على الدوام بأن يكون حجم العنف المستخدم مكافئا لعنف تلك الجماعات، وليس أكثر من ذلك بكثير. واعتبرت تلك المنظمات أن فرض حالة الطوارئ وحظر التجوال لمدة شهر بعد اندلاع أحداث العنف يعتبر بمثابة "إجراءاً طبيعياً مقبولاً" لاستعادة الأمن وتحقيق الاستقرار بالبلاد، شريطة أن ينتهي العمل بها فور انتهاء أسباب وجودها وبدون أي تردد. من ناحية أخري، اعتبر تحالف منظمات المجتمع المدني الذي يضم 32 منظمة وجمعية حقوقية، أن ما تمارسه جماعة الإخوان المسلمين يندرج تحت تعريف الإرهاب، ومن واجب الدولة حماية المواطنين من الانتهاكات التي تمارسها هذه الجماعة وإلا تكون في انتهاك صارخ لواجباتها التي ألزمتها بها المواثيق الدولية وأن اعتصام ومظاهرات جماعة الأخوان المسلمين ليست سلمية، بل هي اعتصام ومظاهرات مسلحة لا ينطبق عليها معايير الحق في التجمع السلمي الذي أقرت به المواثيق الدولية. ونبه التحالف إلي أن قيام وسائل إعلام عربية وغربية تدعمها حكومات تقوم بتشويه الحقائق بشكل سافر لكي تفتح الباب أمام التدخل الخارجي في الشأن الداخلي المصري، كما أن هناك دولا تدعم الإرهاب الذي تمارسه جماعة الأخوان المسلمين، بما يعد انتهاكا جسيما لإعلان عدم جواز التدخل في الشئون الداخلية للدول الصادر عن الأممالمتحدة في 9 ديسمبر 1981. وأكد التحالف أن موقف هذه الدول وتربص الكثير منها بمصر لأهداف سياسية وليست حقوقية. ويري التحالف أن قوات الأمن قد التزمت بجميع المعايير الدولية في فض اعتصامي رابعة العدوية والنهضة، الأمر الذي استلزمها ساعات طويلة لفض الاعتصامات وخاصة اعتصام رابعة العدوية الأكثر عددا، لحرصها على عدم إحداث خسائر كبيرة في الأرواح.. بل أن الخسائر التي حدثت في الأرواح كانت أقل كثيرا من التقديرات التي كانت متوقعة قبل فض الاعتصامين. وما تسبب في سقوط القتلى هو استخدام أعداد من المعتصمين في الاعتصام وخاصة اعتصام رابعة العدوية للأسلحة النارية في مواجهة قوات الأمن مما أسفر عن سقوط قتلى وجرحى من جانب قوات الأمن، الأمر الذي أدى لقيام القوات بالدفاع عن نفسها، وهناك شهادات موثقة لمن حضروا عمليات فض الاعتصامين تثبت أن من بادر باستخدام العنف والسلاح الناري كان المعتصمون أنفسهم.