يوم السبت الموافق 6 نوفمبر، كانت عقارب الساعة تشير إلى الساعة الخامسة والربع تقريبا بالمقر البابوى بالعباسية، التى تعيش الآن وسط حالة من الإجراءات الأمنية المكثفة بعد تهديدات القاعدة للكنيسة، وحضر 17 راهبا من دير أبومقار من أجل طلب رسامة أسقف كرئيس للدير، وعدد من السيدات اللاتى كن ينتظرن البابا لأخذ بركة منه، ويقف بالمقر اللواء نبيل رياض رئيس أمن الكنيسة، لتنظيم المقر، وفى الساعة الخامسة والنصف وقف الرهبان أمام مكتب البابا، وقام الأنبا يؤانس، سكرتير البابا الشخصى، بفتح الباب بالقوة، والمفاجأة أن البابا شنودة كان يقف خلفه، مما أدى إلى وقوعه على الأرض، فشهد المقر صراخا من السيدات الموجودات خوفا على حالة البابا بسبب وقوعه، وعلى الفور ازدحم المقر بالأساقفة وأمن الكنيسة، واتصل الأنبا أرميا بسيارة إسعاف مستشفى السلام بالمهندسين، وتم نقل البابا إلى مركز «ألفا» للأشعة بمصر الجديدة. وانتقل مع سيارة البابا 9 سيارات خاصة بالأساقفة وسيارتا أمن، وكان معه كل من الأنبا أرميا، والأنبا بطرس، والأنبا يؤانس سكرتير البابا، وهناك التقى بهم الدكتور فايز جرجس استشارى الأشعة والذى قام بعمل الأشعة للبابا بالتعاون مع الدكتور ماهر أسعد، الطبيب الخاص للبابا، وتم استخراج التقرير فورا، والذى أكد أن الإصابات عبارة عن كدمات فى ركبتيه وتجمع دموى بسيط بالفخد الأيسر الذى أجرى فيه عملية جراحية العام المضى بالولايات المتحدةالأمريكية، وأكد التقرير النهائى للأشعة والتحاليل سلامة البابا شنودة. وعقب انتهاء البابا من الأشعة وخروجه من المركز أجرى الرئيس حسنى مبارك اتصالا هاتفيا بالبابا شنودة للاطمئنان على صحته على الموبايل الخاص بالأنبا يؤانس، وعبر الرئيس مبارك عن محبته الشديدة للبابا، وعرض عليه نقله بطائرة خاصة إلى الخارج لتلقى العلاج، لكن البابا أكد له أن صحته جيدة ولا داعى للقلق. كما تلقى البابا مجموعة اتصالات من بعض المسؤولين والأقباط بالخارج، بالإضافة إلى عدد من أساقفة المجمع المقدس بالمهجر، وحضر الأنبا بيشوى سكرتير المجمع المقدس للاطمئنان على صحة البابا بالمقر البابوى وجلس معه مدة طويلة. وفى اليوم الثانى لإصابة البابا حضر للمقر البابوى كل من الأنبا أنطونيوس بطريرك وكاردنال مصر للكاثوليك، والدكتور القس صفوت البياضى رئيس الطائفة الإنجيلية بمصر، وطالت الجلسة لمدة ساعتين حول صحة البابا. مصدر كنسى من داخل المقر البابوى قال إن الكنيسة شهدت لحظات صعبة تخوفا على صحة البابا، وبالأخص على فخديه بسبب العملية التى أجريت له العام الماضى.