أعلنت الطوائف المسيحية المختلفة بالشرقية حالة الحداد على وفاة البابا شنودة الثالث،واتشحت الكنائس بالحزن والسواد، كما تعالت صرخات الأقباط فور سماعهم للخبر، واصفينه بالصدمة، وهرعت الأسر للكاتدرائية لإلقاء النظرة الأخيرة على البابا . وأعلنت الكنيسة البطريركية بالشرقية عن بالغ حزنها الشديد على وفاة البابا شنودة عن عمر يناهز 89 عامًا ، وقال القمص عبد المسيح عبد الملاك قمص كنيسة الأنبا طريك بالزقازيق: إن فقدان البابا شنودة خسارة فادحهً للمسلمين والأقباط وليس للمسيحيين فقط، فكانت محبة البابا شنودة تشمل كل مصري وكان محباً للإنسانية عموما، معلناً عن وفود كبيرة من الشرقية تشمل مسلمين وأقباطا تتجه للقاهرة بعد تحديد ميعاد الصلاة علي الفقيد، وأن عشرات الأتوبيسات سوف يتم تخصيصها لنقل من يحب التواجد أثناء الصلاة علي البابا ولننقل محبة الشعب المصري للبابا عبر شاشات تليفزيون العالم وأضاف "أننا سوف ننتظر تعليمات الكنيسة حول كيفية الصلاة ومدة الحداد، ولكن من المؤكد إعلان الحداد الرسمي لمدة أربعين يوم ترتدي فيها الكنيسة الأوشحة السوداء تعبيراً عن الحزن الكبير وإن كان بالغ الحزن يكمن في القلب وليس علي جدران الحوائط أوالمنابر". ومن جانبه أكد اللواء محمد ناصر العنترى مدير الامن الشرقية على ان مصر فقدت رجل عظيم من الذين عملوا لصالح الوطن طول حياتة واكد العنترى انه تم وضع الخدمات الامنية على الكنائس بالشرقية للاستقبال الاقباط والمسلمين فى تقديم العزاء فى وفاة البابا شنودة وان محافظة الشرقية سوف تضرب مثلا في الوحدة المصرية بين قطبيها المسلمين والمسيحيين، معبرين عن الحزن الشديد لفقدان البابا شنودة، وسوف نشارك في الصلاة عليه والوقوف مع الأقباط،.
وعتبر أن البابا ليس ممثل عن المسيحيين المصريين فقط بل كان ممثلا عن الشعب المصري كله أمام كنائس العالم وظل يدافع عن الوحدة المصرية طوال فترة حياته. و أطلقت الكنائس أجراسها حدادا علي روح الفقيد والصلاة والدعاء له وتوافدت المئات علي الكنائس لتعبر عن بالغ حزنها العميق وعزمهم الانتقال للقاهرة للمشاركة في مراسم الصلاة والعزاء والدفن .