الدكتور هاني هلال أقامت مؤسسة حرية الفكر والتعبير عدداً من الدعاوى القضائية ضد وزير التعليم العالي والدولة للبحث العلمي ورئيس جامعة بني سويف أمام محكمة القضاء الإداري ببني سويف لامتناع الدكتور هاني هلال وزير التعليم العالي عن صرف مستحقات أعضاء هيئة التدريس الذين اشتركوا في مشروع الربط بين زيادة الرواتب وجودة الأداء المعتمد من قبل الوزارة في 21/6/2008 وبدأ تنفيذه على أعضاء هيئة التدريس في الأول من يوليو 2008. واعتبرت المؤسسة أن قرار وزير التعليم العالي بالامتناع عن صرف مستحقات أعضاء هيئة التدريس في مشروع الجودة ب"المخالف" لبنود المشروع وافتقاده لأية أسباب قانونية ومخالفًا للمبادئ القانونية المستقرة. كانت وزارة التعليم العالي قد امتنعت منذ الأول من أكتوبر 2008 وحتى الآن عن صرف مستحقاتهم عن هذا المشروع الذي يتضمن أربعة مراحل بدأت المرحلة الأولى في 1/7/2008 وحتى المرحلة الرابعة والأخيرة من أول أبريل وحتى آخر يونيو 2009، وقد توقف المشروع تماماً بعد هذه المرحلة. وكان وزير التعليم العالي قد برر عدم الصرف بعدم قدرة ميزانية الوزارة على الوفاء بها. وأكد عدد من أعضاء هيئة التدريس أن الوزارة ردت جزءًا كبيرا من مخصصات وزارة التعليم العالي في الموازنة العامة إلى وزارة المالية بدعوى عدم الاحتياج لهذا الجزء من الميزانية . وطالبت مؤسسة حرية الفكر والتعبير بأن يكون هناك مقابل يلبي احتياجات أساتذة الجامعات ويليق بمكانتهم وأن يكون هناك تساوٍ بين ما يقوم به أعضاء هيئة التدريس من ناحية وبين المقابل المادي الذي يتقاضونه من ناحية أخرى