قال الأنبا باخوميوس، القائم مقام بابا الكنيسة البطريركية، إن الأقباط المصريين لا يتقلدون المناصب العليا في مصر أو مراكز صنع القرار، فلا يوجد عميد كلية، أو رئيس جامعة، أو مدير أمن أو حتى محافظ من الأقباط، رافضا فكرة الهجرة إلى الخارج وترك مصر، لأن للأقباط تراث وأثر في كل ركن من أركانها . وأضاف باخوميوس، خلال لقاءه بالإعلامي محمود سعد الذي يقدم برنامج "آخر النهار" على فضائية "النهار"، مساء السبت، أن القضية الملحة التي تنتظر البابا الجديد هي بناء الكنائس، رافضا بشدة الرقابة المالية على الكنائس المصرية في الدستور، مضيفا "أيا كان الحاكم فالحكم بالقانون والتعامل مع الحاكم من خلاله القانون فقط ".
وشجع باخوميوس ، الأقباط الشباب المصريين المشاركة في الأحزاب السياسية المختلفة، نافيا فكرة تأسيس حزب ترعاه الكنيسة ليعبر عن مطالباه، لأن الكنيسة تؤمن بمبدأ فصل الدين عن الدولة لكن لا مانع من أن يشارك القبطي المصري في الأحزاب السياسية ويمارس حقوقه السياسية بصورة فردية.
وأشار باخوميوس إلى أنه يتابع عن كثب أعمال لجنة صياغة الدستور، وأنه اقترح عليها كل من حق المواطنة والرجوع إلى الشرائع المسيحية في قضايا الأحوال الشخصية، وأن تطبق الشريعة الإسلامية مبادئها وليست أحكامها، مضيفا "لنا الحق في إقامة رؤساءنا وقياداتنا الدينية، ونتمسك بإضافة مبادئ الشريعة الاسلامية للمادة الثانية وليس أحكامها " .
وطالب بقانون جديد لبناء الكنائس، مشيرا في الوقت ذاته إلى أن هذا القانون سيراعي التجمعات الكثيفة أو القليلة للمسيحيين، مشيرا إلى أن كل إنسان له الحق في أن يجد مكان للعبادة سواء كان مسلما أو مسيحيا .
وفيما يتعلق بالقضايا التي تواجه المسيحيين قال الأنبا باخوميوس، إن المناهج التعليمية فيها ما يسيء للإنسان المسيحي، وإن الخطاب الديني في المساجد يحتاج إلى المراجعة، و كذلك القنوات، وفرص الوظائف، حيث إنه لا يوجد مسيحي يشغل منصب رئيس جامعة أومحافظ أومدير أمن .