أدانت جماعة الإخوان المسلمين أحداث العباسية وقالت فى بيان لها اليوم السبت، إن حرمة الدماء في الإسلام أعظم من حرمة الكعبة المشرفة. وألقت الجماعة مسئولية قتل وإصابة المتظاهرين على المجلس العسكري باعتباره المسئول عن إدارة شئون البلاد وحماية المواطنين، فضلًا عن وزارة الداخلية باعتبارها المسئولة عن الأمن العام، فالأجهزة الأمنية هي التي تعرف البلطجية ويمكنها مواجهتهم وفقًا للقانون، على حد قول البيان. وأكدت الجماعة حق المواطنين في التظاهر والاعتصام السلميين دون الاعتداء على الأشخاص أو الممتلكات العامة أو الخاصة أو على المؤسسات الحكومية مدنية كانت أو عسكرية. وأضافت أن القبض على الفتيات إنما هو إجراء سيء ومستهجن شرعًا وعرفًا، فمن غير المعقول أن يعتدين على الأفراد أو المؤسسات، وطالبت الجماعة بالإفراج الفوري عنهن. كما أدانت جماعة الاخوان بشدة العدوان على الصحفيين والإعلاميين واعتقالهم وتحويلهم إلى النيابة العسكرية، قائلة إنهم يباشرون واجبهم المهني، مطالبة بسرعة بالإفراج الفوري عنهم. وقال الجماعة "ندين العدوان على بيت من بيوت الله "مسجد النور" واعتقال الناس من داخله". ورفضت جماعة الإخوان تحويل المدنيين إلى النيابة العسكرية، فمعظم من تم إلقاء القبض عليهم كان ذلك من الشوارع والمساجد بعيدًا عن المؤسسات العسكرية، وطالبت بسرعة تحويلهم إلى النيابة العامة. ووجهت الجماعة رسائل إلى الشعب المصري العظيم بأن يحرص ويصر على إنجاح ثورته العظيمة وتحقيق أهدافها وعدم السماح بالانقلاب عليها. وقال البيان "إلى المجلس العسكري الحاكم نقول: "وفقًا لتعهدك أمام الشعب بالحفاظ على وحدته وحماية ثورته وصون كرامته خلال الفترة الانتقالية، وهي مسئولية أمام الله ثم أمام الشعب والتاريخ توجب سرعة إظهار الحقائق في كل الأحداث التي جرت، وتحقيق أهداف ومطالب الثورة، والوقوف أمام أي محاولات لإعادة إنتاج النظام السابق بكل وضوح وشفافية".