ومنذ ذلك الحين ثارت خلافات بين حزب المؤتمر الوطني الحاكم والحركة الشعبية لتحرير السودان الجنوبية المتمردة سابقا بشأن تطبيق كل تفصيلة تقريبا من تفاصيل اتفاق عام 2005 ونجم عن ذلك جدار من انعدام الثقة وتعتقد قلة الان أن أغلبية الجنوبيين سيصوتون لصالح الوحدة ويعتقد كثير من الجنوبيين أن العرق والدين يميزانهم عن الشمال الذي يغلب عليه العرب والمسلمون ويخيم تاريخ من الحرب وتجارة العبيد علي العلاقات بين الشمال والجنوب من قبل الاستقلال. ويقول الجنوبيون ان الطفرة الاقتصادية والتنمية تركزتا في أيدي القبائل الشمالية المحيطة بالخرطوم بينما تم اهمالهم. من جانبها أعلنت مفوضية الاستفتاء شروط من يحق له الاستفتاء تضمنت كل من له أب أو أم أو جد من قبيلة جنوبية وكل من كان مقيما بشكل دائم أو يقيم ابواه أو جداه في الجنوب منذ الاستقلال في الاول من يناير عام 1956 يستطيع الادلاء بصوته في الاستفتاء ويجب أن يعود الجنوبيون الذين رحلت أسرهم قبل الاستقلال إلي الجنوب للتسجيل والتصويت. كما يستطيع الجنوبيون في شمال السودان واثيوبيا وكينيا واوغندا واستراليا وبريطانيا والولاياتالمتحدة وكندا ومصر التصويت أيضا ويقدر القائمون علي التخطيط للاستفتاء أن هناك نحو 5.5 مليون جنوبي يحق لهم التصويت داخل وخارج السودان لكن لا يتوقع أن يسجلوا جميعا اسماءهم. أكدت مفوضية الاستفتاء ان الاستفتاء سيكون اقتراعا سريا وتسبقه عملية تسجيل تستمر 17 يوما وان قانون الاستفتاء ينص علي أنه يجب أن يشارك 60% ممن سجلوا اسماءهم في التصويت حتي يكون صحيحا ويجب أن يعطي اكثر من 50% بأصواتهم لخيار الاستقلال أو الوحدة حتي تكون النتيجة ملزمة وأقرت مفوضية الاستفتاء ميزانية قدرها 372 مليون دولار لكن في ظل تقليص الجدول الزمني يرجح أن تكون التكلفة أقل وسيعمل نحو 10 الاف و800 موظف في نحو ثلاثة الاف من مراكز الاستفتاء. وسيؤمن اكثر من 14 الف رجل شرطة العملية في الجنوب. ومن المقرر أن يبدأ التصويت في التاسع من يناير ويستمر اسبوعا. ستساعد قوة حفظ السلام التابعة للامم المتحدة وقوامها عشرة الاف فرد في حفظ الامن. وهذه القوة منفصلة عن القوة المشتركة للاتحاد الافريقي والامم المتحدة الاكبر حجما في دارفور. وكان يجب اقرار قانون الاستفتاء قبل ثلاث سنوات وأن تتشكل المفوضية بعد ذلك مباشرة. وفي الواقع تولت المفوضية مهامها في يوليو 2010 مما أمهلها ستة أشهر فقط لتنظيم الاستفتاء الذي سيغير مسار اكبر دولة في افريقيا إلي الابد. كما افتُتحت مراكز لتسجيل الناخبين السودانيين في عدة مدن في أستراليا للمشاركة في الاستفتاء علي تقرير مصير جنوب السودان حيث يقدر المسئولون عدد السودانيين في أستراليا بحوالي 20 ألفا ومعظمهم مسيحيون من الجنوب وارتفع خلال العقد الماضي بنسبة 34%. يقول مايكل كلانسي مدير مكاتب منظمة الهجرة العالمية التي تفتح مراكز في أستراليا نؤمن أنه بإمكاننا توفير مراكز استفتاء كافية ونحن نحتاج إلي مساعدة الجالية السودانية ونحتاج أيضا إلي مخصصات مالية إضافية كما نحتاج إلي أن تعطينا لجنة الاستفتاء علي جنوب السودان الضوء الأخضر لافتتاح مراكز في مدن أخري في أستراليا. تتوقع منظمة الهجرة العالمية أن تشهد مراكز الاقتراع إقبالا كثيفاً. أشارت مفوضية استفتاء جنوب السودان إلي أنها ستتعامل بجدية تامة مع أي اتهامات بتورط جهات حزبية. أو فئوية أو قبلية في عرقلة تسجيل الناخبين الجنوبيين في شمال السودان. قال جورج ماكير رئيس الإعلام في المفوضية إن المفوضية ستفصل أي موظف تابع لها يتسبب في عرقلة عملية تسجيل الناخبين وأن المفوضية لن تتوقف عند استبدال الموظفين أو -العِريفين القبليين- الذين يثبت تورطهم في تخذيل المواطنين الجنوبيين عن التسجيل. أو الامتناع عن تسجيلهم . وأكد ماكير أن المفوضية علي استعداد لتلقي الشكاوي والتعامل معها بجدية تامة. وإقصاء المتورطين وإحالتهم إلي المحكمة الجنائية مشيرا إلي انه من الممكن أن تمدد المفوضية فترة التسجيل التي تنتهي اول ديسمبر المقبل. إذا رأت حاجة إلي ذلك. من المفترض أن تجري منطقة ابيي المنتجة للنفط استفتاء متزامنا مع استفتاء الجنوب علي ما اذا كانت ستنضم إلي الجنوب ام الشمال لكن الخلافات العميقة بين الشمال والجنوب بشأن من سيدلي بصوته ومن سيخطط للاستفتاء تعني أن هذا الاستفتاء اما سيؤجل أو قد لا يجري علي الاطلاق. ويشبه معظم المحللين ابيي التي كانت مسرحا للاشتباكات بين الشمال والجنوب منذ عام 2005 بمنطقة كشمير المتنازع عليها بين الهند وباكستان وهم يرون أن التوترات المحلية هناك قد تثير حربا أشمل اذا لم تعالج وقد تضم مناطق أخري حقولا نفطية قريبة من الحدود المتنازع عليها مثل هجليج وولاية الوحدة. وقد تكون الولايات الحدودية مثل جنوب كردفان والنيل الازرق أماكن محتملة لاعمال العنف وقد تبادل جيشا الشمال والجنوب الاتهامات بحشد القوات علي امتداد الحدود غير المرسمة. تفضل دول افريقية كثيرة ان يظل السودان موحدا لانها تخشي أن يؤدي الانفصال إلي حدوث انقسام وتوترات انفصالية ويشعر البعض بالقلق من ان الانفصال قد يؤدي إلي مطالب بالحكم الذاتي في مناطق السودان الاخري ومنها دارفور في الغرب أو الشرق الذي تمرد ايضا علي الخرطوم وقد تتفكك البلاد ويخشي اخرون من أنه اذا لم يمنح الجنوبيون فرصة للتصويت علي ما اذا كانوا سيحكمون أنفسهم فان الحرب الأهلية بين الشمال والجنوب التي زعزعت استقرار معظم شرق افريقيا قد تشتعل من جديد. يري الخبراء أن الاستفتاء علي انفصال جنوب السودان من شأنه أن يقود البلاد إلي الفوضي وأن حالة عدم وجود رابح ضمن الأطراف السودانية بشكل عام من شأنها تعريض البلاد للفوضي والاقتتال والحرب الأهلية وتتوقع المنظمات غير الحكومية والجمعيات الخيرية العاملة في البلاد ألا يؤدي الاستفتاء إلي نتيجة واضحة في السودان. وبالتالي أن تعيش البلاد حالة من الفوضي مما ينذر باندلاع العنف والعودة بالبلاد إلي الاقتتال الداخلي كما يعتقد الكثير من المحللين أن الاستفتاء قد يتأجل لبضعة أسابيع في ظل ضيق الوقت. وتم التخلي عن الجدول المنصوص عليه في قانون الاستفتاء مما يترك الاستفتاء عرضة للطعون القانونية. ويجب أن يعدل البرلمان القانون ولابد من اعلان النتيجة بحلول 15 فبراير 2011.