صرح طارق عثمان عضو مفوضية الاستفتاء على استقلال جنوب السودان عن شماله بأن الاستفتاء يجب أن يؤجل أو تلغى بعض الترتيبات بسبب ضيق الوقت. وقال عثمان إن الوقت الباقي ليس كافيا لإجراء الاستفتاء.. وإن تسجيل الناخبين يجب أن يكتمل وينشر قبل ثلاثة أشهر من الاستفتاء وفقا لقانون الاستفتاء وهو أمر مستحيل أن يتحقق في الوقت المتبقي. وأضاف إن الموقف يفرض خيارين فقط أحدهما هو إلغاء بعض الإجراءات وهو ما لن يكون مقبولا لأنه سيؤثر على تنفيذ الاستفتاء والخيار الثاني هو تأجيل الاستفتاء إلى حين استكمال الإجراءات.. وإن التأجيل لن يستمر أكثر من ستة أشهر. والاستفتاء المقرر أن يجرى في التاسع من يناير 2011 هو أهم بنود اتفاق السلام الشامل الموقع عام 2005 والذي أنهى أطول حرب أهلية في تاريخ أفريقيا والتي اندلعت بين الشمال والجنوب عام 1955 وشهدت فترات توقف، ودار الصراع بين الجانبين على خطوط النفط والعرق والفكر السياسي. ويعتقد أغلب المحللين ان الجنوب سيصوت في صالح الانفصال عن الشمال، وتعارض الحركة الشعبية لتحرير السودان التي تحكم الجنوب شبه المستقل أي إجراء من شأنه تأجيل الاستفتاء على الانفصال. وعينت المفوضية المشرفة على الاستفتاء في نهاية يونيو بتأخير يزيد على عامين وحتى الآن لم يتم الاتفاق على الأمين العام التنفيذي للمفوضية وهو منصب رئيسي. وثارت الخلافات بين حزب المؤتمر الوطني الحاكم وبين الحركة الشعبية لتحرير السودان بشأن ترتيبات ما بعد الانفصال اذا ما أسفر عنه الاستفتاء ومن بينها ترسيم الحدود وتعريف المواطنة وتقاسم ثروة السودان النفطية ويكمن معظمها في منطقة متنازع عليها. ومن جانبه يقول حزب المؤتمر الوطني إن الحدود يجب أن تتقرر قبل الاستفتاء بينما تعارض الحركة الشعبية لتحرير السودان في الجنوب على أي شرط للاستفتاء متهمة حزب المؤتمر الوطني بتعمد عرقلة الاستفتاء. ويخشى الكثيرون أن يؤدي تأجيل الاستفتاء أو عرقلته إلى إشعال الحرب الأهلية السودانية مرة أخرى وهي الحرب التي راح ضحيتها ما يقدر بمليوني شخص مات أكثرهم بسبب الجوع والمرض كما أدت إلى إثارة الاضطراب في شرق أفريقيا. ولم تمر أي مرحلة من مراحل تطبيق اتفاق السلام الشامل بين الشمال والجنوب دون خلاف بين الجانبين بينما كان الاتفاق يرمي الى ضمان التحول الديمقراطي في سودان موحد مع وجود نظامين حاكمين مختلفين في الشمال والجنوب، وبعد تأجيلات متواصلة لتطبيق الاتفاق وبعد الانتخابات التي أجريت في أبريل نيسان تزايد الخطاب الانفصالي من جانب المسؤولين في الحركة الشعبية لتحرير السودان.