قال الأنبا مرقس أسقف شبرا الخيمة: "إن قيام مسيحيين مصريين بالسفر أو الهجرة إلى إسرائيل، عقب زيارة الرئيس الأمريكي بارك أوباما، هي شأن شخصي لا دخل للكنيسة به"، مضيفًا "لن يستمعوا للكنيسة إذا قالت لهم لا تذهبوا لإسرائيل، وربما يكون لديهم أعمال أو أمور أخرى لا تعرفها الكنيسة تتطلب تواجدهم في إسرائيل، إلا أن الكنيسة لا تتدخل في أمور الهجرة إلى إسرائيل أو أي دولة أخرى، لأنها تهتم فقط بالشئون الروحية فقط". ورفض الأنبا بولا، أسقف طنطا وتوابعها، ما أثير عن وجود مخطط لاسرائيل لتفريغ مصر من المسيحيين قائلاً "وما دخل إسرائيل في الأمر، إسرائيل ليست هي الشماعة التي تؤثر علي المسيحيين المصريين"، مشيراً أن معدل خروج الأقباط في الآونة الأخيرة إزداد، وأن النية لدي الكثير من الأقباط في الخروج من مصر تعمقت، خاصة أن العديد من أصحاب رؤوس الأموال نجحوا في إخراج أموالهم خارج البلاد، وإن كانت الكنيسة لا تشجع هجرة الأقباط للخاج، وتطالبهم بالتمسك ببلدهم ووطنهم. وأكد الدكتور نجيب جبرائيل، رئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الانسان، إن هناك نسبة من الأقباط هاجروا إلى اسرائيل مارس الماضي، مضيفًا: "ليس الأقباط فقط هم من هاجروا الى اسرائيل، ولكن هناك مسلمين أيضاً، خاصة أن أكثر من ثلاثة ألاف مصرd يعملون في إسرائيل". وقال "جبرائيل": لا نلوم الأقباط فى ذلك إنما اذا اردنا أن نوجه اللوم فلنوجه اللوم للسلطات المصرية التى تتجاهل دائماً مشاكل الأقباط، والإعتداء على ممتلكاتهم وكنائسهم، وملف اختطاف أطفالهم، الأمر الذى تسبب في هجرة أكثر من مائة ألف قبطى لدول مختلفة هرباً من تشدد التيارات الاسلامية فى مصر، وتزايد نبرة الطائفية والعنف فى المجتمع المصرى، وأكثرهم من ذوى الخبرات والكفاءات العلمية الكبيرة.