العلاقات السعودية القطرية، مثلها مثل أي دولتين عربيتين مرت بمراحل هبوط ومراحل صعود، وفقًا للتوترات التي تشهدها المنطقة العربية على مر العثور، وهو ما يؤثر بشكل كبير على علاقات الدول. أول خلاف قطري سعودي بداية الخلافات، بدأت في بداية القرن العشرين عندما طالبت السعودية بضم قطر لها باعتبارها جزءًا من إقليم الأحساء وبألحاح من الجانب البريطاني تم الاعتراف بحدود قطر بعد ذلك بسنتين، وفي العام 1965 وقعت قطر والسعودية إتفاقا يقضي باتخاذ ترسيم الحدود بينهم.
خلاف "حادثة الخفوس" وأثناء حادثة الخفوس عام 1992 حين زعمت الحكومة القطرية بأن قبيلة آل مرة ساندت القوات السعودية وقامت بمواجهة القوة القطرية، وقد قيل حينذاك بأن الحادث يتزامن مع طرح قضية التجمع القبلي في المنطقة المتنازع عليها بين السعودية وقطر، حيث يتوزع أفراد القبيلة في المناطق الواقعة تحت سيادة البلدين.
وقد حاولت السلطات السعودية احتواء الأزمة في وقت لاحق عن طريق استرضاء بعض رجال قبيلة آل مرة واستمالة بعضهم المتواجدين في قطر، وبحسب الرواية القطرية، فإن السعودية عمدت إلى استغلال بعض أفراد القبيلة في عملية الانقلاب عام 1995 ضد الحكومة القطرية الحالية بالتعاون مع الأمير السابق خليفة آل ثاني، والذي أدى إلى إسقاط جنسية وتهجير المئات من رجال القبيلة إلى السعودية بحجة أن من يحمل الجنسية القطرية يجب أن يكون موالياً 100% للعائلة الحاكمة في قطر.
احتجاج قطري 1996 في ديسمبر العام 1996 حين اختارت القمة الخليجية التي عقدت في مسقط الشيخ جميل الحجيلان اميناً عاماً لمجلس التعاون الخليجي مقابل مرشح قطر في ذلك الحين عبد الرحمن العطية - الأمين العام السابق - فاحتج أمير قطر حمد بن خليفة على ذلك وقاطع الجلسة الختامية لقمة مسقط الخليجية في ذلك الوقت، ومما زاد في الأزمة المحاولة الانقلابية الفاشلة على الأمير الحالي التي رتبها والده الأمير السابق الشيخ خليفة سعيا للعودة للحكم بعد انقلاب ابنه عليه العام 1995 فرغم أن الأمير الوالد - الحاكم السابق - رتب المحاولة وهو موجود في أبوظبي واستعان بقطريين من أتباعه كانوا موجودين في أبوظبي وآخرين داخل قطر، إلا أن الدوحة اعتبرت ان لبعض الأطراف السعودية يداً في هذه المحاولة، ومن هنا بدأت الأزمة الحقيقية التي شهدت الكثير من الإشكاليات واستخدمت قطر وسائل الإعلام ودعمتها ماليا مناوئين للسعودية.
سحب السفير السعودي 2002 في عام 2002 تطرق برنامج تلفزيوني بثته قناة الجزيرة العام 2002 والذي استضافت فيه القناة اشخاصاً تعرضوا لمؤسس المملكة الراحل الملك عبد العزيز وأدىّ هذا البرنامج لسحب السعودية سفيرها صالح الطعيمي من الدوحة دون إعلان، ولكن حاول أمير قطر إعادة العلاقات الطبيعية مع السعودية والتقرب إليها حين قام بزيارته للسعودية، وقيل في حينها ان السبب وراء ذلك هو رغبة قطر في عدم مقاطعة العاهل السعودي الملك عبد الله للقمة الخليجية التي استضافتها الدوحة.
الانقسام في حرب اسرائيل وتجلى الأنقسام في أوضح صوره في حربي إسرائيل على لبنانوغزة في العامين 2006 و 2008 ، في الأولى رأت السعودية انها مغامرة قام بها حزب الله ، وفي الحرب على غزة قاطعت قمة الدوحة التي خُصصت لدعم الشعب الفلسطيني في مواجهة العدوان الأسرائيلي ، هبت رياح التغيير في العالم العربي في نهاية عام 2010 وشهد أكثر من بلد عربي ثورة شعبية إقتلعت نظام الحكم فيه ، وكانت السعودية وفطر على موعد جديد من الأختلاف والتباين في السياسات الخارجية.
سحب السفير السعودي 2014 في مارس 2014 قررت السعودية والإمارات والبحرين سحب سفرائها من قطر. وجاء في بيان مشترك للدول الثلاث أن القرار اتخذ بعد فشل كافة الجهود في إقناع قطر بضرورة الالتزام بالمبادئ التي تكفل عدم التدخل في الشؤون الداخلية لأي من دول المجلس بشكل مباشر أو غير مباشر، وعدم دعم كل من يعمل على تهديد أمن واستقرار دول المجلس من منظمات أو أفراد، سواءً عن طريق العمل الأمني المباشر أو عن طريق محاولة التأثير السياسي وعدم دعم الإعلام المعادي.
العلاقات والأزمة السورية ومع بدء الأزمة في سوريا اشتد الصراع بين السعودية وقطر حيث اراد الاثنان العمل في سوريا بعدما اعتبروا الازمة فرصة لالحاق ضربة بمحور المقاومة والممانعة في المنطقة وزيادة نفوذهما الاقليمي، وقد ارادت السعودية استغلال هذه الازمة لضرب الدور القطري ايضا والذي ازداد بعد التحرك القطري في مصر ابان فترة حكم الاخوان المسلمين ما اشعر السعوديين بالخطر.
سموم الجزيرة حول السعودية وفي الساعات الأخيرة، نشرت قناة الجزيرة عبر موقعها الناطق باللغة الإنجليزية مقالات تدين السعودية وطعنتها متهمة إياها بنشر الإرهاب، وقامت بتوجيه التهم الباطلة بأن السعودية تنشر الإرهاب بالعالم، في محاولة للتغطية على الاتهامات الكبيرة الموجهة ضد حزب الإصلاح في اليمن بأنه داعم للإرهاب.
كما اتهمت السعودية بأنها مثل إسرائيل، وتأكيدًا على محاولة الجزيرة لترسيخ فكرة أن السعودية مثل إسرئيل، سأل مذيع في قناة الجزيرة الناطقة بالإنجليزية مندوب السعودية في الأممالمتحدة قائلا: "ماذا تقول لمن يتحدث هذه الأيام أن أعمالكم في اليمن ليست مختلفة عما حدث في غزة"، الأمر الذي أثار حفيظة متابعي القناة لأن السعودية تقدم أرواح الشهداء الذين يقاتلون جمباً إلى جمب مع القوات اليمنية، وكان آخرها استشهاد 12 عسكرياً جراء سقوط طائرة في مأرب.