عام على تولى المستشار هشام بركات منصبه كنائب عام خلفا للمستشار عبدالمجيد محمود، ليقضيه في محاربة الإرهاب من خلال تسخير كافة الإمكانيات والطاقة البشرية بالنيابة العامة للتحقيق في جميع القضايا والأحداث التى تشهدها البلاد منذ سقوط نظام الرئيس المعزول محمد مرسي وجماعته الإرهابية ووضعهم خلف قضبان السجن بعدما تخابروا وتجسسوا وتآمروا على الوطن لصالح جهات تعمل لخدمة أجندات دول خارجية. بدأ النائب العام رحلته بتنفيذ قرار سابق أصدره النائب العام السابق عبد المجيد محمود بوضع قيادات جماعة الإخوان الإرهابية ثم قرار آخر يصدر بالتحفظ على أموال قيادات الجماعة بعدما ثبت تورطهم في قضايا فساد مالى وكسب غير مشروع وتمويل مظاهرات لهدم الدولة المصرية. قام بركات بالتحقيق في العديد من القضايا كان أبرزها فض ميدانى رابعة العدوية والنهضة والذى تم القبض على أعداد كبيرة من أنصار المعزول لمحاولتهم فرض سيادتهم على الدولة حيث أمر بعد التحقيقات التى استمرت لأشهر بإحالة 36 متهما، من العناصر الإرهابية شديدة الخطورة إلى المحاكمة الجنائية أمام محكمة جنايات الجيزة، وذلك لقيامهم باستغلال اعتصامي رابعة العدوية والنهضة؛ لاستقطاب أعضائه، وجمع التبرعات المالية من المعتصمين لشراء الأسلحة والذخائر والمواد الكيماوية اللازمة، لتصنيع المتفجرات والعبوات الناسفة بغية استخدامها في عمليات إرهابية. وأمر بركات بإحالة الرئيس المعزول محمد مرسي، و14 متهمًا آخرين، إلى محكمة جنايات القاهرة، وذلك لاتهامهم بقتل والشروع في قتل متظاهري أحداث قصر الاتحادية. وأمر النائب العام أيضا بإحالة 491 متهما بينهم أمين مكتب الإرشاد إلي الجنايات بتهم القتل في أسيوط لتورط جميع قيادات المكتب الإداري للجماعة بالمحافظة في التحريض والعنف. كما وافق بركات على قرار نيابة شرق القاهرة الكلية بإحالة المرشد العام للجماعة الإرهابية، و50 من قيادات تنظيم الإخوان الإرهابى، إلى المحاكمة الجنائية، لاتهامهم بإدارة غرفة عمليات لتوجيه تحركات عناصرهم ضد قوات الشرطة، بهدف مواجهة الدولة أثناء فض اعتصام ميدان رابعة العدوية. وأحال بركات أيضا 17 متهما فى احداث مذبحة سيدى بشر بالاسكندرية عقب فض اعتصامى رابعة العدوية والنهضة الى المحاكمة الجنائية. ولم يكتف بركات بذلك فواجه الإرهاب أيضا بالصعيد فأمر بإحالة 70 متهمًا من قيادات وأعضاء تنظيم الإخوان إلى محكمة الجنايات والجنح، بتهم القتل والاعتداء على متظاهري 30 يونيو وإحالة 21 متهمًا للجنايات والجنح بمركز الغنايم، بتهم حرق مجمع المحاكم، ومركز الشرطة وارتكاب أعمال عنف، وتخريب وسرقة الأسلحة والأحراز والأموال، وإطلاق الأعيرة النارية على قوات الشرطة، والمشاركة في تظاهرات. وأحال بركات مرسي و 10 متهمين آخرين إلى المحاكمة الجنائية أمام محكمة جنايات القاهرة وذلك في قضية اتهامهم بارتكاب جرائم اختلاس أسرار الأمن القومي المصري وتسريبها إلى المخابرات القطرية ومسئولي قناة الجزيرة تنفيذا لتعليمات التنظيم الدولي لجماعة الإخوان. كما أحال 504 متهمين في أحداث رمسيس ومسجد الفتح لمحكمة الجنايات، وذلك بتهمة الشروع في القتل والتجمهر. وجاء في التحقيقات أن المتهمين قاموا بقطع الطريق، وإطلاق الأعيرة النارية على المواطنين أثناء المظاهرات التي تطالب بعودة الرئيس المعزول محمد مرسي. وأصدر بركات قرارا باحالة 163 متهما الى محكمة الجنايات بتهمة قتل 29 مواطنا والشروع فى قتل 30 اخرين فى احداث مذبحة سيدى جابر وباب شرق بمدينة الاسكندرية.
كانت النيابة العامة قد تلقت اخطارا من الشرطة فى 16 اغسطس 2013 بوقوع مصادمات عنيفة بعدة مناطق بمدينة الاسكندرية اسفرت عن مقتل واصابة العديد من المواطنين. وأصدر بركات قرارا بإحالة المتهمين بارتكاب حادثة التصادم بمحافظة البحيرة إلى المحاكمة الجنائية العاجلة. وأوضح أنه تقرر إحالة قائد السيارة النقل الى محكمة جنايات الإسكندرية لتعاطيه المخدرات أثناء القيادة. إلى أن انتهى بالطعن على الأحكام الصادرة ببراءة الرئيس الأسبق محمد حسني مبارك، ووزير داخليته، ومساعديه السته، وعرضها عليه، لإيداعها أمام محكمة النقض. وأكد بيان إعلامي صادر من النيابة العامة أن النيابة تتخذ إجراءات الطعن انطلاقا من دورها الذي حدده القانون، وبصفتها الأمينة على الدعوى الجنائية، والاحرص على تحقيق مصالح المجتمع المصري في حيادية ونزاهة وفقا للقانون، ودون تأثر بما تتنازع فيه التيارات السياسية المختلفة.