أثار قرار إدراج جماعة الإخوان، منظمة إرهابية، الجدل في الوسط الأزهري واعتبره البعض خطوة إلى الأمام في تنوير المجتمع المصري، فيما رآه البعض الآخر خطوة أمنية دون وجود حلول وآليات فعلية في تنوير الشارع المصري والبعد به عن الأفكار التكفيرية والإرهابية. قال الدكتور عبد الله النجار، عميد كلية الدراسات العليا في جامعة الأزهر، إن قرار إعلان جماعة الإخوان المسلمين جماعة إرهابية سيساعد الأزهر على نشر الفكر الوسطي بشكل أفضل، مشيراً إلى أن الأزهر يمارس دوره في نشر الفكر الوسطي منذ إنشائه وسيظل حتى قيام الساعة. وأكد «النجار» أن قرار إعلان جماعة الإخوان منظمة إرهابية، وصف للواقع الذي تشهده مصر، بعد القتل الناتج عن التفجيرات المتكررة، وإشعال النيران في الأبنية التعليمية والذي لا يمكن اعتباره سوى إرهاب، مشدداً على أن الإخوان مهما حاولوا إنكار أنهم جماعة إرهابية لن يصدقهم أحد لأنهم من كثرة الكذب المستمر منذ أن كانوا في السلطة أصبحوا يمارسونه باستمرار. وأكد الشيخ محمود عاشور، وكيل الأزهر السابق وعضو مجمع البحوث الإسلامية، أن إدراج جماعة الإخوان المسلمين على قوائم الإرهاب، خطوة على الطريق الصحيح وبداية لعودة المنهج الوسطي بعد عام من تشدد الخطاب الديني والتكفير وغير ذلك، لافتا إلى أننا نحتاج إلى غلق الباب على الإرهاب ومن ثم الالتفات إلى تعاليم الدين السمح. وأوضح أن إعادة الفكر الوسطي لن تتم بين ليلة وضحاها، بينما ستحتاج إلى بعض الوقت والمسئول عن ذلك هو الأزهر الشريف؛ نظرا لدوره في تطبيق المنهج الوسطي والذي كان يؤديه على أتم وجه حتى فترة قريبة، ولكنه يعود من جديد بعد تراجعه ليؤكد وظيفته الأساسية، وبدأ يتخذ خطوات جادة في تغيير المناهج الدراسية بما يتناسب مع مبادئ الإسلام الوسطية. وأكد الشيخ محمد عبد الله نصر، منسق حركة أزهريون مع الدولة المدنية، أن الأزهر لا يملك آليات الخطاب الديني الوسطي، وأنه لا يملك خطة ولا رؤية لنشر الخطاب في المجتمع المصري، وأن القائمين على أمر الدعوى في البلاد يفكرون بنفس طريقة الإخوان والسلفيين. وأوضح «نصر» أن الإرهابيين يعتمدوا على الطريقة الحاكمية التي جاءت في كتب سيد قطب، مشيراً إلى أن إدراج الإخوان كمنظمة إرهابية أفكار أمنية ستزيد من شعبيتها، مشدداً على ضرورة أن تكون المعركة فكرية.