تستهدف جامعة النيل الانتقال إلى مقرها الجديد بالشيخ زايد خلال الفصل الدراسي الحالي وعقد الامتحانات النهائية عن الفصل الدراسي الثاني في المباني الجديدة. قال الدكتور طارق خليل رئيس الجامعة في تصريحات خاصة ل"أموال الغد" أن الجامعة ستنقل انشطتها بالكامل إلى مقرها بالشيخ زايد مشيرا إلى أن المبنى المؤقت بالقرية الذكية لم يعد يحتمل حجم الطلاب والابحاث التي يجرونها. أوضح أن عدد كبير من الجامعات الاجنبية والامريكية تستهدف التعاون مع النيل في الابحاث الطلابية مؤكدا على أنها تنتظر الحكم القضائي منذ فترة طويلة لتوقيع عقود الشراكة مع "النيل" في برامجها البحثية بين الطلاب المصريين والاجانب. قضت الدائرة السادسة بالمحكمة الإدارية العليا برئاسة المستشار علي الششتاوي نائب رئيس مجلس الدولة رفض الطعن المقام من المحامى رجائى عطية، وكيلا عن د.أحمد زويل، على الحكم الصادر لصالح طلبة جامعة النيل، بإعادة المبنى الذي تشغله الجامعة والتجهيزات المخصصة له، وأنه لا يحق للجامعة سوى استلام مبنى واحد من المباني التي أقامتها وزارة الاتصالات والمعلومات المخصصة للعملية التعليمية على الأرض التي تم استردادها للدولة من المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجي فى 19 فبراير 2011، والتي بلغت مساحتها 127 فدانا بمدينة الشيخ زايد ب6 أكتوبر وتقضى بعودتها إلى جامعة أهلية وكانت هيئة مفوضي الدولة، بالمحكمة الإدارية العليا اصدرت تقريرا قانونيا طالبت فية المحكمة باصدار حكم بإصدار حكم نهائي، يقضي بأحقية جامعة النيل في استعادة جميع الأراضي والمباني، التي تم تخصيصها، لمدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا، والتي تقدر ب 127فداناً بمدينة الشيخ زايد، وأحقية جامعة النيل في كافة الأراضي والمباني، وإلزام رئيس الجمهورية، الدكتور محمد مرسي، بإصدار قرار رسمي بتحويل جامعة النيل إلى جامعة أهلية. وكان رجائي عطية، المحامي، وكيلاً عن الدكتور أحمد زويل، قد أقام طعناً، حمل رقم 4524 لسنة 59 قضائية، للمطالبة بإلغاء حكم محكمة القضاء الإداري بإعادة المبنى، الذي تشغله الجامعة، وأنه لا يحق للجامعة سوى استلام مبنى واحد فقط، من المبانى، التى أقامتها وزارة الاتصالات والمعلومات المخصصة للعملية التعليمية على الأرض، التى تم استردادها للدولة من المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى، فى 19 فبراير 2011، والتى بلغت مساحتها 127 فدان بمدينة الشيخ زايد ب6 أكتوبر. وأوضحت المحكمة فى حيثيات حكمها، أن القرار رقم 305 لسنة 2011 الصادر من رئيس مجلس الوزراء فى 19 فبراير 2011 بإعادة مساحة 127.32 فدان من المؤسسة المصرية لتطوير التعليم التكنولوجى، والتى كانت مخصصة لجامعة النيل قرارا صحيحا، لأن إنشاء هذه المؤسسة والجامعة فى هذا الوقت جاء مخالفا للقانون، ويشوبه العوار، كما تأكدت المحكمة من أن هذا القرار لم يكن تحت أى ضغوط سياسية، كما ادعى مقيمو الطعون. وكان الدكتور محمد مرسي رئيس الجمهورية اصدر قرارا بتخصيص اراضي جامعة النيل لمشروع جامعة زويل للعلوم والتكنولوجيا. قال رئيس جامعة النيل أن قرار مرسي يجب أن يخضع لمجلس الشورى باعتباره قانونًا يجب إقراره وفقًا للدستور الجديد مشددًا على أن قرار انشاء الجامعة غير واضح خاصة فيما يخص آلية التطبيق والخطوات التنفيذية لتدشين مدينة زويل على ارض الواقع. قضت محكمة القضاء الاداري في وقت سابق بإعادة جزء من أراضي جامعة النيل ومباني الجامعة التي كانت مخصصة إلى الدكتور أحمد زويل، ورفض تحويل الجامعة إلى جامعة أهلية لانتفاء القرارالإداري. كان النائب السابق حمدي الفخرانى قد أقام دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإدارى، طالب فيها بإلغاء الاستيلاء على أرض الجامعة وصدور قرار جهوري بتحويل الجامعة إلى جامعة أهلية. ونظم الطلاب منذ اعلان تخصيص اراضي الجامعة لمدينة زويل للعلوم في فترة تولي الفريق احمد شفيق رئاسة مجلس الوزراء اراضيها لمدينة زويل للعلوم اعتصامات متكررة للمطالبة بعودة تخصيص الاراضي "للنيل" .