قالت صحيفة "هيرالد تريبيون" الأمريكية إنه رغم وصول جماعة الإخوان المسلمين، التي كانت محظورة في ظل حكم الرئيس المستبد السابق "حسني مبارك"، إلى سدة الحكم وأصبحت شرعية، إلا أنها لا تزال تعمل في سرية وخفاء بعيدًا عن أعين أجهزة المخابرات والأمن. وذكرت الصحيفة أن الرئيس "محمد مرسي" الذي ينحدر من جماعة الإخوان المسلمين تحدث علنًا عن اجتماعات المعارضة التي تهدف إلى التآمر ضده، وقبل أشهر قليلة، ظهر الرجل الأقوى في جماعة الإخوان المسلمين "خيرت الشاطر" ليقول إن لديه تسجيلات تدين الحكام العسكريين السابقين ومسئولي الانتخابات بتآمرهم ضده ليصبح غير مؤهل لخوض انتخابات الرئاسة التي جرت العام الماضي. وأوضحت الصحيفة أن مثل تلك التصريحات، يُنظر إليها من قبل مسئولي الأمن والأعضاء السابقين للجماعة الإسلامية والإعلام المستقل، على أنها تلميحات قوية على أن جماعة الإخوان المسلمين الحاكمة ما زالت تعمل في خفاء بعيدا عن أيدي أجهزة المعلومات الاستخباراتية، وخارج نطاق وكالات الأمن الحكومية. ولفتت الصحيفة إلى أن مثل تلك المخاوف تتناغم بشكل كبير مع الجماعة التي لديها تاريخ طويل من العمل السري، وما زالت الشكوك قائمة أن هذا العمل مستمر في الوظائف الطبيعية للدولة. وأضافت أن من التهم التي تداولها الكثيرون في الآونة الأخيرة أسلوب تسيير أعمال وزارة الخارجية، حيث يتشكي المسئولون من أن الرئيس "مرسي" يعتمد بشكل كبير على المستشارين الموثوق بهم من الإخوان في صياغة السياسة الخارجية أكثر ممن هم داخل الوزارة. من جانبه، قال عبد الجليل الشرنوبي - رئيس تحرير موقع "إخوان أون لاين" سابقًا: "المشكلة مع الإخوان أنهم أتوا إلى السلطة لكنهم ما زالوا يعملون مع الشعب كما كانوا في المعارضة، ولأنهم لا يثقون في الدولة، أنشأوا كيانا خاصا بهم." وانتهت الصحيفة إلى أن فكرة وجود دولة داخل الدولة لديها سوابق في أماكن أخرى من العالم كما هو الحال في لبنان مع وجود حزب الله الشيعي.