على الرغم من الترحيب العلني بصفقة الإفراج عن نحو ألف سجين فلسطيني مقابل الجندي الإسرائيلي جلعاد شاليط، لم يخل الأمر من تبادل الانتقادات بين فتح وحماس بشأن هذه الصفقة. وكانت حركة المقاومة الإسلامية "حماس" مطالبة بشكل خاص بأن تبرر موافقتها على أبعاد أكثر من 200 من الأسرى المحررين إلى غزة أو إلى الخارج بعد أن كانت ترفض ذلك. وقال وزير الخارجية الفلسطيني رياض المالكي لقناة "فرانس 24 : "نحن مسرورون للإفراج عن 1027 أسيرا فلسطينيا ، لكننا شعرنا بخيبة أمل كبيرة من أن عددا منهم سينقلون إلى غزة ولن يسمح لهم بالبقاء في منازلهم مع عائلاتهم في الضفة الغربية وبعضهم الآخر سينفى إلى الخارج". وقال القيادي في حماس إسماعيل رضوان الجمعة: إن تصريحات المالكي "خارجة عن السياق الوطني المحتفي بهذا الانجاز التاريخي الكبير للمقاومة باطلاق سراح الاسرى". وأوضح أن الأسرى الفلسطينيين الذين سيتم إبعادهم الى الخارج "عددهم قليل لا يشكل سوى 5% من مجموع الصفقة وسيتم ابعادهم بموافقتهم شخصيا وبمحض إرادتهم". وأضاف أن "هؤلاء الأسرى المبعدين لهم الخيار بالعودة لاحقا إلى غزة متى شاءوا أما باقي المبعدين فسينقلون الى غزة وهي جزء محرر من الوطن". وقال مسؤولون إسرائيليون: إنه بموجب الصفقة بين اسرائيل وحماس سيتم الافراج عن 1027 اسيرا سيتم إبعاد 40 منهم إلى الخارج بينما سيتم ارسال 163 آخرين إلى قطاع غزة الذي تسيطر عليه حركة حماس. واوضح رضوان ان "الاسرى ذوي المحكوميات العالية كانوا امام خيارين: اما ان يبقوا في السجون حتى الموت او الافراج عنهم ضمن الصفقة بابعاد عدد قليل منهم وهم يخرجون ليمارسوا حقهم في المقاومة ومسيرة نضالهم". وذكر اسماعيل رضوان بان السلطة الفلسطينية كانت وافقت على ابعاد 13 فلسطينيا كانوا محتجزين في كنيسة المهد في بيت لحم في الضفة الغربية الى الخارج في 2002. وانتقدت حماس بشدة حينها موافقة السلطة الفلسطينية على ابعاد الشباب الفلسطينيين الى الخارج. وقال قائدها الراحل عبد العزيز الرنتيسي الذي اغتالته اسرائيل حينها : ان "الاتفاق الذي أبرمته السلطة الفلسطينية مع العدو الصهيوني بخصوص المحاصرين في كنيسة المهد اتفاق خطير جدا ويمس بشرعية حق الشعب الفلسطيني في وطنه. والآن الغاصب المحتل الذي أضفينا عليه الشرعية حينما اعترفنا به في أوسلو يحرمنا من شرعية وجودنا في بلادنا ونحن نقر بذلك ونتفق معه علي الإبعاد". واضاف "انا افضل ان اقطع اربا اربا على الابعاد ".