كشف تقرير صادر عن الجهاز المركزي للمحاسبات تناول نشاط الاتحاد العام لعمال مصر خلال العام المالي المنتهي في 20 يونية 2009 أن الاتحاد أهدر 18 مليون جنيه في مشروع قيام الجامعة العمالية بشراء أراض ثبت أنها محل نزاعات. واكد التقرير أن إدارة الاتحاد أهملت ملف خسائر الجامعة العمالية والتى رصد التقرير عددا منها مثل إهدار أجهزة ومعدات بقيمة 661 ألف جنيه . ولم تقتصر مخالفات الاتحاد العام لعمال مصر الذي تم حله مؤخرا بقرار من رئيس الوزراء على هذا فقط بل كشف تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات أنه وفقا لقانون الضريبة علي الدخل رقم 91 لسنة 2005 وتعديلاته من خلال عدم خصم وسداد الضرائب المستحقة لمصلحة الضرائب المصرية علي تعديلات بعض المنظمات النقابية مع الغير، فقد بلغ ما أمكن حصره من الأرصدة غير القانونية للاتحاد 68.1 مليون جنيه بالإضافة إلي صرف مبالغ دون إرفاق مستندات غير مستوفاة بلغت 824 ألف جنيه . وأفرد التقرير مساحة كبيرة للحديث حول استيلاء المسئولين بكل من النقابة العامة للعاملين بالنقل البري ومركز التدريب التابع لها علي نحو 196 ألف جنيه عن طريق التلاعب في استخدام دفاتر تحصيل النقدية دون أن يتم توريد أي مبالغ نقدية لحساب النقابة بالبنك وقد تم إحالة الموضوع للنائب العام في 21 سبتمبر 2010 فضلاً عن الاستيلاء علي 32 ألف جنيه قيمة رسوم كتب دراسية وامتحانات شهادات نجاح . واكد التقرير عدم قيام بعض النقابات بالدعوة لجمعية عمومية لمناقشة ميزانيتها منذ عام 2003 وحتي عام 2009 وصرف مبالغ بالمخالفة لأحكام القانون بلغت نحو 214 جنيها وعدم الالتزام بالقانون وقرارات رئيس الاتحاد بشأن الإعلانات حيث بلغ إجمالي ما تم تحصيله منها 442 ألف جنيه بالإضافة إلي عدم وضع نظام لتشغيل وصيانة السيارات ببعض النقابات مما أدي إلي عدم إحكام نظم الضبط والرقابة الداخلية علي مصروفاتها حيث بلغ ما أمكن حصره منها 275 ألف جنيه فضلاً عن الصرف المباشر من المتحصلات ببعض اللجان النقابية دون إيداعها في البنك أولاً بأول حيث بلغ ما أمكن حصره 931، 1 مليون جنيه وتوفير بعض الاحتياجات من المشتريات دون اتباع الطرق السليمة للحصول علي أفضل الشروط حيث بلغ ما أمكن حصره منها 201،1 مليون جنيه إلي جانب عدم التزام بعض اللجان النقابية بسداد حصة النقابة العامة والاتحاد من قيمة اشتراكات العضوية المحصلة بلغ ما أمكن حصره منها 762 ألف جنيه بالإضافة إلي عدم قيام بعض النقابات بسداد مستحقات بعض اللجان النقابية من الاشتراكات بلغت جملتها 739 ألف جنيه.