أكد قائد الانقلاب عبد الفتاح السيسي أن مهمة الجيش الأساسية هي حفظ الأمن القومي المصري وحماية الحدود وليس من مهمته ولا دوره مواجهة الإرهاب ومكافحة العناصر الإرهابية. وقال في مقطع فيديو مسرب من لقائه بقادة الأركان والأفرع في نوفمبر 2012 بثته فضائية "الجزيرة مباشر مصر": لا يمكن أن تكون هناك مجابهة بين عناصر من القوات المسلحة والعناصر الإرهابية لأن مهمة ذلك تعود إلى وزارة الداخلية. وأكد قائد الانقلاب أن الجيش هو أداة قتل وليس "قبض" أي اعتقال أو توقيف وليس من مهامه ولا تدريبه مجابهة الإرهاب، مشيرًا إلى أن ما حدث من عمليات إرهابية في فترة التسعينيات من القرن الماضي في الصعيد واجهته قوات الداخلية وطلب من الجيش أن يشترك في ذلك ورفض لأنها ليست مهمته. وأوضح أن مهمة الجيش هي الحفاظ على الأمن القومي المصري وحماية الحدود ولن تكون مواجهة الإرهاب، لأن ذلك سيترتب عليه مخاطر شديدة؛ حيث إن فرد القوات المسلحة غير مدرب على هذه المهمة ولو طلب إليه دخول مكان وإطلاق النار سيطلق النار على جميع من في المكان بما فيهم نساء وأطفال وشيوخ.