فيما فسر بأنه من قبيل توزيع الأدوار بين قيادات دينية مسيحية بالداخل وأقباط المهجر وجهت منظمات قبطية بالخارج دعوة للأقباط في مصر بعدم التصويت للرئيس حسني مبارك خلال الانتخابات الرئاسية عام 2011، بدعوى عدم توفير الحماية لهم، وتواطؤ الحزب "الوطني" في هجوم نجع حمادي. وقالت مصادر قبطية ل"المصريون" فضلت عدم ذكر اسمها، إن البيانات الداعية إلى عدم التصويت للرئيس مبارك في الانتخابات الرئاسية المقبلة، تأتي في سياق تخفيف الضغوط على الكنيسة في الداخل بعد أن اتهمها البعض بتورطها في تحريك مظاهرات الأقباط في الخارج ضد القيادة السياسية المصرية. وكان الرئيس مبارك قد أدان ضمنيا الكنيسة التي يرأسها البابا شنودة وألمح إلى دورها في تأجيج الأوضاع الطائفية في مصر، فيما هاجمت صحف قومية البابا شنودة واتهمته بأنه يقف وراء المظاهرات التي شارك فيها العشرات من القساوسة التابعين له في عدد من العواصمالغربية. وجاء في بيان مشترك لكل من منظمتي "الأقباط أحرار" و"التجمع القبطي الأمريكي": "في ضوء تواطؤ أعضاء من الحزب الوطني والأجهزة الأمنية في أحداث نجع حمادي، فإننا ندعو أقباط مصر لعدم منح أصواتهم الانتخابية للرئيس مبارك أو لمرشحي الحزب الوطني الديموقراطي والإخوان المسلمين في الانتخابات القادمة". وخلال الانتخابات الرئاسية في 2005، أصدرت الكنيسة الأرثوذكسية تعليمات لأتباعها بالتصويت للرئيس مبارك، كما دعت إلى التصويت إلى مرشحي الحزب "الوطني" في الانتخابات البرلمانية التي جرت في العام ذاته. وطالب البيان بفتح باب الترشيح بحرية لأعضاء لكافه الأحزاب من أجل مُمارسة ديمقراطية حقيقية، وعدم قصر الانتخاب علي فصيلين اثنين اختزلت الحكومة الخيار بينهما، وهما الحزب "الوطني" و"الإخوان المسلمون". وحث البيان الأقباط على منح أصواتهم لمن أسموهم المرشحين الذين يُعلنون على الملأ إدانتهم للعُنف الطائفي والذين يقومون بخطوات عملية لدعم الحريات الدينية ونشر الديمقراطية في مصر"، وختم قائلا: "لنبقى مُتحدين خلف قضيتنا، شاركوا في جميع الانتخابات سواء حكومية أو نقابيه أو مهنية باستخراج البطاقات الانتخابية".
