اتهم عدد من الناشطين السياسيين والحقوقيين قرارات اللجنة العليا لانتخابات الرئاسة بوضع العديد من المعوقات التى من شأنها أن تعرقل نشاط مرشحى الرئاسة الإسلاميين بصفة خاصة، وتضر بنزاهة الانتخابات بشكل عام، وعلى رأسها تقييد منظمات المجتمع المدنى فى عملية مراقبة الانتخابات، ووضعها شروطًا قاسية على المراقبين، فضلا عن قصر المراقبة على المنظمات الخاضعة للقانون 84 لسنة 2002 والأخرى الحاصلة على تصريح من وزارة الخارجية، مشددين على ضرورة وضع ضمانات حقيقية لعدم تزوير الانتخابات، من خلال التزام اللجنة بإطار قانونى فى عملها نظرا لأن المقدمات مقلقة وغير مبشرة على الإطلاق. وقال عبد المنعم عبد المقصود محامي جماعة "الإخوان المسلمين"، إن ممارسات اللجنة تثير الشك حول عملها، مشيراً إلى أن تكرار المخالفات والأخطاء التى ترتكبها يشكك فى حياديتها ويحول عملها من قانونى إلى سياسى. وأضاف أن تلك الممارسات لن تضر بالإسلاميين والإخوان خاصة بقدر ما تضر بمصر ومكانتها وسمعتها على الصعيدين الإقليمى والدولى، بالإضافة إلى أنها تؤثر على نزاهة وشفافية وديمقراطية العملية الانتخابية ويجعلها تسير بشكل سلبى مما يعطل مسيرة التحول الديمقراطى ويضر بأمن واستقرار مصر، ويؤجج مشاعر الغضب لدى الجماهير التى تنتظر الحرية والاستقرار. وجدد تأكيده أن شعار "الإسلام هو الحل" شعار دستورى 100%، إذ حصل على مئات الأحكام القضائية التى تثبت أنه شعار سياسى وليس دينيًّا، ومن حق جماعة الإخوان المسلمين أو أى فصيل سياسى آخر أو مرشح للانتخابات الرئاسية استخدامه فى حملته الانتخابية. وانتقد اشتراط اللجنة الخبرة على المنظمات التى ترغب فى المشاركة فى عملية المراقبة، مؤكدا أن هذا الشرط تعجيزى ويعرقل أداء وعمل العديد من المنظمات التى لديها إمكانيات واستعدادات قوية للمراقبة. فيما أكد على كمال، عضو مجلس النقابة العامة للمحامين، أن اللجنة بعدما أهدرت حجية القوانين والأحكام القضائية واحترامها باستبعاد المهندس خيرت الشاطر من سباق الرئاسة ارتكبت خطيئة جديدة وهى التصدى لعدم دستورية قانون العزل وكأنها قضت فيه بعدم الدستورية وقامت بإعادة أحمد شفيق إلى السباق مرة أخرى. وأوضح أن اللجنة بذلك انتزعت اختصاص المحكمة الدستورية العليا فى التصدى لدستورية القوانين من عدمها، كما انتزعت اختصاصًا قضائيًا للمحاكم فى إحالة أى قانون إلى المحكمة الدستورية للبت فيه. واعتبر أن قرار اللجنة مخالفة صارخة للنظام القضائى المصرى، حيث يوجب قانون المرافعات على المحاكم التى ترى شبهة عدم دستورية قانون ما، أن توقف الفصل فى الدعوى المنظورة أمامها وتجمد الموقف لحين صدور حكم المحكمة الدستورية العليا بدستورية أو عدم دستورية القانون المشكوك فيه. الأمر الذى خالفه، أحمد أبو بركة، عضو اللجنة القانونية لحزب الحرية والعدالة، معتبراً أنه بغض النظر عن قانونية قرار اللجنة إلا أن قبول تظلم أحمد شفيق وإعادته لسباق الرئاسة يعصم الانتخابات من الطعن بعدم دستوريتها أو حكم ببطلانها أو إعادتها مرة أخرى. ورأى أن وجود شفيق أو عدمه لا يشكل أى تحدٍ على الإطلاق أمام الشعب المصرى الذى أسقط فى ثورته قيادات النظام البائد والحزب الوطنى المنحل، ثم أسقط رموزه وأنهى وجودهم فى الحياة السياسية من خلال الانتخابات البرلمانية. وردًا على تخوفات تزوير الانتخابات قال أبو بركة: "لا يملك أحد القدرة على أن يزور صوتًا واحدًا فى هذه الانتخابات، فالمشاركة الشعبية الكبيرة والإشراف القضائى الكامل فى جميع اللجان الفرعية على مستوى الجمهورية يقفان حائط صد أمام أية محاولة للتزوير".