أصدر مجمع البحوث الإسلامية العديد من الفتاوي والقرارات المهمة خلال 2012 من أبرزها رفض المجمع إلغاء قانون الخلع . أكد أعضاء مجمع البحوث الإسلامية أن قانون الخلع الذى أعطى للمرأة حق إنهاء الحياة الزوجية بإرادتها هو حق مشروع منذ عهد الرسول "صلى الله عليه وسلم "، ووردت فيه آيات قرآنية وأحاديث صحيحة تبيح للمرأة استخدام هذا الحق عند استحالة العشرة الزوجية، وأنه حق كفلته الشريعة الإسلامية للمرأة كما كفلت للرجل حق الطلاق. جاء ذلك خلال اجتماع طارىء عقده بمشيخة الأزهر لمناقشة هذا الموضوع حيث أكد الأعضاء أن إلغاء الخلع يتعارض مع ما جاء فى الكتاب والسنَّة، مستندين على مشروعية الخلع فى الشريعة الإسلامية وفى السنة النبوية الشريفة ورواه البخارى والنسائى عن عبدالله بن عباس بشأن أول خلع فى الإسلام عندمات ردت امرأة ثابت بن قيس بن الشماس الحديقة على زوجها ، فطلقها. وأيد مجمع البحوث الإسلامية قراره السابق بشأن سن الحضانة وهو 15 عاما للولد ، وحتي سن الزواج للبنت ، متمسكا برأيه، كما قرر مجمع البحوث الاسلامية فى جلسته أن سن التمييز للولد 15 عاما والبنت حتى سن الزواج، على أن تكون الولاية التعليمية على الصغير للأب سواء كانت ولاية على النفس وهى الإشراف على شئون القاصر الشخصية من صيانة وحفظ وتأديب وتعليم وتزويج وتطبيب، أو الولاية على المال وهى الإشراف على شئون القاصر المالية من حفظ المال وإبرام العقود وسائر التصرفات المتعلقة بالمال. ورأى المجمع أن منح الوالد حق الولاية التعليمية ليست حقا مطلقا، إذ عليه إشراك الأم وجوبيا فى اختيار نوع التعليم والمدرسة التى يريد إلحاق ابنه بها، وفى حال التنازع فى إلحاقه بنوع من التعليم عالى التكاليف، بحيث لا يقدر الأب على تغطية متطلباته وأبدت الأم استعدادها لدفع الزيادة على المقدور عليه من الولى الذى هو الأب، حينئذ لا يجوز للأب التعنت فى نقل ابنه من هذا النوع من التعليم، ما لم يترتب على بقاء المحضون فى هذه المدرسة لحوق ضرر دينى أو أخلاقى أو بعد مكانى، وفى هذا الحالة على القاضى أن يفصل فى هذا التنازع فى ضوء ما يحقق مصلحة الطفل. كما أصدر المجمع فتوي حول زواج مللك اليمين حيث أكدالمجمع ، أن زواج ملك اليمين ليس زواجًا على الإطلاق؛ لفقده الأركان والشروط الواجبة في الزواج، وقد أصبح غير موجود حاليا و بلا رجعة؛ واصفا الحديث عنه في هذه الأيام بأنه ردة وعودة إلى عصر الجاهلية، ودعوة إلى العلاقات الجنسية الآثمة والمحرمة. وأوضح الشيخ علي عبد الباقي، الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية، ، أن زواج ملك اليمين حالة من أحوال النكاح، خاصة بنظام الرق والعبودية التي كانت منتشرة في العالم في بداية الإسلام، وقضى عليها الإسلام بالتدريج في التشريع، بل عمل الإسلام على التخلص من كافة صورها، والتي تشكل إحدى صور الاستعباد، وذلك من خلال فرض عتق رقبة في كل الكفارات. واشار البيان إلى أن القوانين الدولية والمواثيق صدرت بتحريم الاسترقاق وتقييد حرية الإنسان؛ وانتهى بهذا ما يسمى بزواج ملك اليمين فهو ليس زواجًا على الإطلاق؛ لفقده الأركان والشروط الواجبة في الزواج الشرعي الصحيح، وكان قد أثير في بعض وسائل الإعلام ، آراء تبيح زواج ملك اليمين، وتعتبره زواجا جائزا. وحول الشيعة والتشيع أكد المجمع أن محبة آل البيت طاعة لله ولرسوله - صلى الله عليه وسلم وهو أمر لا يزايد علي الأزهر فيه أحد لأنه تقرب إلى الله - تبارك وتعالى، كما دأَب الأزهر الشريف على عدم تكفير أو كراهية أحد من المسلمين، فكيف بآل البيت الكرام . وأكّد المجمع على حِرص الأزهر الشريف على تدريس جميع مذاهب المسلمين في معاهده وكلياته؛ مما أعطاه ميزة التعدُديَّة الفكرية التي انفرَد بها عن جميع المؤسسات العلمية في العالم، والذي جعله شامخا وكعبة للعلم والعلماء، فالأزهر وإمامه يُمثِّلان ضمير الأمة ورمزًا للوسطية والاعتدال. وأشار إلى إن الأزهر الشريف يتصدى للذين يكفرون صحابة رسول الله (صلى الله عليه وسلم) ويكفرون أهل السنة والجماعة الذين يمثلون 90 % من المسلمين و الذين يسعون إلى نشر المذهب الرافضي في المجتمعات السنية لخلخلة وحدتها الفكرية والثقافية، الأمر الذي يحولها إلى مجتمعات طائفية بأسها بينها شديد، وذلك حتى تعجز عن التقدم والخروج من المأزق الذي هي فيه، وبهذا المخطط الخبيث تتحقَّق مقاصد الصهيونية والاستعمار. كما أصدر المجمع ، بيانا حول اللجنة التأسيسية للدستور في بداية عملها أكد فية علي ضرورة اعلاء مصلحة الوطن العليا والحفاظً على قيمنا ومثلنا الأخلاقية النابعة من أدياننا السماوية في معاني التضحية والوفاء وإنكار الذات. وناشد الأزهر الشريف، كل رجال مصر ونسائها، وشبابها الناشطين؛ في جميع الأحزاب والقوى والائتلافات والتيارات والتوجهات،أن يقدموا المصلحة العامة للوطن ، على المصالح الحزبية و الأيديولوجية و الفئوية وأن يلتقوا على كلمة سواء، بين أطياف الجماعة الوطنية كافة، بما تتيح لسفينة الوطن أن ترسو بأمان، فيحمي ثورتنا، ويحقق أمننا واستقرارنا ويقينا شر الفتنة والشتات والفرقة، فيما نواجه من قضايا صياغة الدستور وبناء الدولة الحديثة . وشدد المجمع على أهمية وثيقة الأزهر الشريف التي حازت القبول العام، والتقت عليها أطياف الجماعة الوطنية المصرية كافة، وصارت – بحمد الله – نصًا أساسًا في أدبيات الثورة المصرية والعربية، يجدر بها أن تكون، بمحتواها الشرعي والحضاري، رائدًا لنا في بناء دولتنا الوطنية الديمقراطية الدستورية الحديثة، وأن تتبناها " الجمعية التأسيسية " للدستور التي سيرتضيها أبناء الوطن الواحد .