تاريخ الكنيسة المرقسية يحمل مفارقة كبيرة حيث تقع الكاتدرائية المرقسية بالإسكندرية في بداية الميناء الشرقي وكانت قبل انتشار العمران تطل علي شاطئ البحر مباشرة, فهي المقر البابوي للكنيسة الأرثوزكسية المصرية. ويرجع تاريخها للقرن الأول وكانت في البداية معبدا للأوثان ويرقد تحتها مقبرة معظم البطاركة وبها رفات القديس مرقص كاروز الديار المصرية أو المبشر الأول بالديانة المسيحية في الإسكندرية, وفي تاريخ البطاركة هو أول بطريرك في الكنيسة الأرثوذكسية, تعتبر الكنيسة الأرثوذكسية أثر قبطي كبير من الناحية التاريخية والكنيسة لأنها المقر الرئيسي للبابا ويسمي بابا الإسكندرية. وفي ذلك يقول: جوزيف ملاك مدير المركز المصري للدراسات الإنمائية وحقوق الإنسان إن ماري مرقص دخل مصر عام61 وظل بها حتي68 واستشهد علي يد الرومان وسحل في شوارع الإسكندرية في حكم نيرون, وكان في الإسكندرية قديما مدرسة تسمي مدرسة الإسكندرية للفلاسفة تحولت بعد انتشار المسيحية في مصر إلي مدرسة الإسكندرية اللاهوتية قبل دخول الإسلام ب400 سنة, فعمر الكنيسة في الإسكندرية نحو20 قرنا امتدت من ماري مرقص حتي البابا شنودة117 وأغلبهم دفن تحت الكنيسة أيضا كنيسة الإسكندرية تسمي كنيسة الشهداء لأنه زاد عدد الشهداء الذين قتلوا علي يد الرومان وبدأ تقويم يسمي بتقويم الشهداء عام284 ميلادية في عهد الإمبراطور الروماني دقلديانوس, في سنة324 أصبحت مصر دولة قبطية في ولاية الإمبراطور قسطنطين الذي جعل الديانة المسيحية هي الديانة الرسمية, فتاريخ الكنيسة المرقسية يحمل مفارقة كبيرة ومع انتشار المسيحية وتمكنها في القرن الرابع الميلادي بدأ المسيحيون في اضطهاد الوثنيين وتحويل معابدهم إلي كنائس بعد طمس رموزهم أو رموز الوثنية من علي جدرانها وهو ما حدث تحديدا في مبني الكنيسة المرقسية الحالي الذي تذكر الأبحاص التاريخية أنها كانت معبدا وثنيا بعد دفن جثمان الإسكندر الأكبر بها والذي بدأ يتحول إلي معبود لدي الوثنيين. وتذكر الكتابات التاريخية أن هناك فترة غامضة في أواسط القرن الرابع الميلادي عندما بدأت كتابات المؤرخين عن قبر الإسكندر تأخذ في الخفوت ويحل محلها جسمان القديس مرقص الرسول ولكن المؤكد بعد الخلاف الحاد بين الكنيسة المصرية وكنيسة الفاتيكان بروما بعد تمكن الفتح العربي الإسلامي لمصر أن تجارا من البندقية سطو علي الجثمان الذي كان موجودا في مقر الكنيسة المرقصية, وهو ما أعاد الجدل حاليا حول صاحب الجثمان خاصة أن الوثنيين في القرن الأول الميلادي سحلوا جسد الشهيد ماري مرقص واضطر المسيحيون الأوائل إلي جمع لحمه وعظامه من الشوارع, ولذلك يعتقد البعض أن الذي سرقه تجار البندقية في القرن السادس أو السابع أو الثامن الميلادي وإعادة الأنبا كيرلوس الثالث في عام1968 هو جسد الإسكندر الأكبر الذي أجاد البطالمة تحنيطه فاحتفظ بتماسكه حتي الآن, كما تعرضت الكنيسة المرقسية إلي الهدم والتخريب أكثر من مرة وأعيد بنائها في فترات التسامح إلي أن قام بتجديدها المسيحييون في عهد الرئيس جمال عبد الناصر. ثم أضيفت لها عدد من المباني في السنوات العشرين السابقة ولم يستطع أحد أن يجزم إن كان قد بنيت علي أنقاض منزل ثاني بطاركة الأقباط أم بديل لمعبد وثني بسبب حساسية المكان دينيا وعدم تمكن البعثات من التنقيب, حيث تتضاءل الحقيقة التاريخية أمام رفض كل المصريين العبث بالمنشآت الدينية.