تعد المشكلة الأهم والأكبر التي ستواجه محافظ الأقصر الجديد.. هي مسألة القبول الشعبي.. فالأقصر بعد الموقف الذي اتخذته في الشهر الماضي بعد حركة المحافظين الأخيرة التي تمت في عهد الرئيس السابق والتي استقبلها الأهالي برفض شعبي لاختيار محافظ ينتمي للجماعات الإسلامية.. جعلت مسألة اختيار محافظ جديد مسألة ليست سهلة, فيقول محمد صالح المنسق العام للجنة الشعبية لدعم ومناصرة القضايا الوطنية.. أن وجود محافظ ينتمي لتيار سياسي معين دون غيره أمر لن يتقبله أهالي الأقصر بسهولة.. ويجب علي المحافظ القادم أيا كان خلفيته السياسية محاولة إحداث حالة من التوافق بين كافة التوجهات السياسية والتي كان لمعظمها دورا كبيرا في مسألة رفض المحافظ السابق المهندس عادل الخياط بسبب انتمائه السياسي ولأن الأقصر محافظة سياحية بالدرجة الأولي.. فلابد أن يتم مراعاة هذا الوضع الخاص لها واختيار محافظ يستطيع التعامل مع المشاكل الخاصة بالوضع السياحي بالأقصر,وفي هذا الأمر يقول ثروت عجمي رئيس غرفة شركات السياحة.. أنه من أهم المشكلات التي تواجه المحافظ الجديد ضرورة استكمال مشروعات تطوير الأقصر وخاصة مشروع إعادة فتح طريق الكباش والعمل علي استمرار الأجندة الثقافية التي تم وضعها للأقصر خلال العام الماضي والتي تضمنت إقامة مهرجانين للسينما( إحدهما للسينما الإفريقية والآخر بالسينما الأوروبية واللذان ساهموا بشكل كبير في انعاش حركة السياحة بالأقصر والتي تحتاج إلي دفعة قوية خلال الفترة القادمة بعد أن انخفضت نسبة الأشغال السياحي في الأقصر إلي أقل من3 % وهي نسبة لم تشهدها الأقصر منذ أكثر من20 سنة. أما عبدالمنعم عبدالعظيم الباحث الأثري.. فيقول أن مشكلة انهاء أزمة التعويضات من المشكلات المهمة التي ستواجه محافظ الأقصر.. بالإضافة إلي مشكلة إعادة الانضباط إلي الشارع الأقصري.. فبعد أن كان الأقصر أحدث وأنظف سوق حضاري عادت العشوائيات للظهور مرة أخري.. وعادت الأسواق لتسد الطرقات والشوارع وحل أزمة عربات الحنطور التي أصبحت تثير فوضي عارمة في شوارع الأقصر نتيجة انتشار أكثر من800 عربة حنطور غير مرخصة لا تلتزم بأي خطوط تسير ولا تلتزم بوضع البامبرز.. الأمر الذي أدي إلي انتشار روث الخيول وفضلاتها في كافة الشوارع الرئيسية وبالقرب من المناطق الأثرية مسببا رائحة كريهة.