يبحث المجلس الأعلى لحماية مياه النيل، اليوم، سبل حماية نهر النيل من التعديات، وبدء حملات الإزالة الموجودة على المجرى المائى، وذلك ضمن توصيات المجلس بحصر جميع التعديات على المجارى المائية، ووضع برنامج زمنى لإزالاتها، بالتعاون بين وزارة الموارد المائية والأجهزة الإدارية والأمنية بالمحافظات. كما يستعرض المجلس خلال اجتماعه ، بمجلس الوزراء اليوم تقريراً لوزير البيئة،عن ملوثات النيل من مخلفات الصرف الصحى أو الصناعى أو المخلفات الصلبة والعائمات. بالإضافة لمناقشة ما قررته حكومة الدكتور كمال الجنزورى فى وقت سابق من توفيق الأوضاع للمنشآت الصناعية على طول نهر النيل ووضع خريطة للمناطق الصناعية. وبدء حملات تفتيشية على تلك المصانع مع منحها مهلة زمنية لتوفيق أوضاعها. وتطبيق ما تقرر من قبل حول تغليظ العقوبات الخاصة بالتعديات على نهر النيل وإعادة عقوبة الحبس للمخالفين مع حظر نقل المواد البترولية فى نهر النيل ومنع بناء منشآت صناعية قريبة من المجارى المائية.