اصطدم الدكتور السيد عبدالخالق بأول مشكلات تنسيق قبول الطلاب بعد حلفه اليمين مباشرة حيث توجه وفد من أولياء أمور طلاب الدبلومة الأمريكية إلى المهندس إبراهيم محلب اعتراضا على رفع نسبة قبول أبنائهم فى الجامعات المصرية إلى أكثر من 50% بقرار مفاجىء صدر عن المجلس الأعلى للجامعات خلال الفصل الدراسى الثانى وطالب أولياء الأمور بمساواة أبنائهم بطلاب الشهادة الإنجليزية وتحقيق فرص العدالة فى القبول مع طلاب الثانوية العامة مؤكدين أن اشتراط نسبة حصول الطلاب المتقدم للقبول على حوالى 60%من درجات اختبار السات بواقع 1400درجة من إجمالى 2400درجة امر يتعارض مع قواعد العدالة والمساواة . وأعرب أولياء الأمور عن استيائهم من رفع النسبة بشكل مفاجىء أثناء انعقاد العام الدراسى الحالى مؤكدين إن قرار التعليم العالى يتنافى مع مبادىء العدالة والمساواة حيث يتم وفقا للقرار اشتراط حصول الطالب المتقدم للدبلومة الأمريكية على نسبة 55% فى اختبار السات المستوى الأول بواقع 1320درجة من إجمالى 2400 بينما يشترط حصول الطالب على مالايقل عن 1400درجة فى المستوى الثانى من إجمالى 2400درجة علاوة على قرار سابق بحرمان قبول الطلاب الحاصلين على تلك الشهادة فى الجامعات الحكومية بما لايقل عن 1440