اتفق عدد من المراقبين لشئون نهر النيل على عدم تأثير انفصال جنوب السودان على تدفق مياه النيل لمصر، واستمرار حصولها على حصتها التاريخية التى قررتها اتفاقية 1959؛ لأن أولوية الجنوبيين ستكون حل مشاكلهم الحادة التى ستواجههم بمجرد انفصالهم عن الشمال. كما يتوقع عدد كبير من المحللين المختصين. «إذا جاءت نتيجة الاستفتاء انفصال الجنوب .. ستكون علاقتنا جيدة بجميع دول العالم، وفى مقدمها دول حوض النيل، وسيكون لدولة الجنوبالجديدة دور إيجابى فى تحسين العلاقات بين دول حوض النيل» هذا ما أكده نائب الأمين العام لمكتب الحركة الشعبية لتحرير جنوب السودان بالقاهرة، جون شيلا. وقال شيلا فى تصريحات خاصة ل«الشروق»، إنه لا يمكن تأكيد موقف جنوب السودان من حضور أو عدم حضور أى ممثل عنه فى الاجتماع الاستثنائى للمجلس الوزارى لحوض النيل لمناقشة التداعيات القانونية، مشيرا إلى ضرورة «عدم استباق الأحداث» فالأولوية الآن هى لإجراء الاستفتاء المقرر فى التاسع من يناير المقبل. ورفض شيلا الحديث عن مواقف محددة لدولة جنوب السودان تجاه دول حوض النيل، ولكنه أكد أن جنوب السودان سيسعى للعب دور إيجابى بين دول حوض النيل. ومن جانبه أكد هانى رسلان، مدير وحدة دراسات السودان وحوض النيل بمركز الأهرام للدراسات السياسية والاستراتيجية، أنه فى حالة الانفصال لا يمكن أن يحضر جنوب السودان الاجتماعات، لأن إعلان الدولة الجديدة لن يتم إلا فى شهر يونيو المقبل، وبذلك سيكون الموقف السودانى خلال الاجتماعات موقفا موحدا. وأوضح رسلان أن دولة جنوب السودان ستكون الدولة الحادية عشرة فى دول حوض النيل، ومن المتوقع أن تأخذ مواقف محايدة فيما يتعلق بملف إدارة مياه النيل، لأن دولة الجنوبالجديدة سيكون لديها المزيد من القضايا ذات الخطورة تمثل أولويات قصوى أمامها أكثر من ملف المياه. لكن انفصال الجنوب سيتسبب فى المزيد من التعقيدات فى ملف حوض النيل لوجود دولة جديدة لها روابط تاريخية واجتماعية وثقافية وتجارية مع دول منابع النيل حسب رسلان. ومن جانبه، قال أستاذ القانون الدولى حمدى عبد الرحمن إن انفصال الجنوب لن يؤثر على الاتفاقيات والحصص التاريخية لمصر والسودان فى نهر النيل لاتخاذها صفة الإلزام والشرعية الدولية. وشدد عبدالرحمن على ضرورة اللجوء للقوة الناعمة فى حل أى نزاعات يمكن أن تطرأ بين مصر ودول حوض النيل، حيث لا يمكننا الحديث عن استخدام القوة المسلحة فى هذه المنطقة. وأضاف يمكننا التعاون فى الكثير من المجالات، لنقدم لدول المنابع خبرات يمكن أن تكون مفتقدة، وهو ما سيعود على مصر بالفائدة. ومن الجانب الفنى أكد خبير المياه مغاورى شحاتة، أن هناك موارد مائية لحوض نهر النيل ليس لها علاقة بجنوب السودان، فالنيل الأزرق ونهر عطبرة والسوباط جميعها تتدفق من أثيوبيا إلى شمال السودان، ولا تمر بالجنوب، وهى تحمل الكمية الأكبر من المياه القادمة لمصر، لذا لا أتوقع أن يؤثر الانفصال على تدفق مياه النيل إلى مصر