- في مجمع نيقية 325م تم تأليه المسيح وأصبح الإله مكون من الأب والإبن - في مجمع القسطنطنية 381م تم تأليه الروح القدس ليكتمل الثالوث وتم إقرار أن الروح القدس تنبثق من الأب فقط. - في بداية القرن الخامس الميلادي أعلنت "مدرسة إديسا" بزعامة "نسطوريوس" أن للمسيح طبيعتان, طبيعة بشرية وطبيعة إلهية, فأعترض الكثير من الآباء والقساوسة. - قام الإمبراطور ثيدوسيوس الثاني بعقد "مجمع إيفسوس" (431م) لحل هذا الخلاف, ونتج عن هذا المجمع عدم إقرار آراء "نسطوريوس", فقام "نسطوريوس" بالإنفصال عن الكنيسة هو وأتباعه وهربوا إلى الإمبراطورية الفارسية. في 451 م في مجمع كلدونية تم النص على أن للمسيح طبيعتان فعلا, طبيعة بشرية وطبيعة إلهية لكنهما متحدتين .. وأثار هذا القرار سخط الكثير .. في مجمع توليدو تم تعديل أحد العقائد المسيحية وهي أن الروح القدس منبثقة من الأب والإبن معا, وليس الأب فقط, واثار هذا التعديل سخط الكنائس الشرقية التي لم تستشار في الأمر وبالإجمال فإن لمدة الخمسمائة سنة ما بين 300 إلى 800م فإنك قد تجد مسيحي يؤمن بإله واحد وإله آخر ولكن أقل منه شأنا, ومسيحي آخر يؤمن بإلهين, ومسيحي يؤمن بإله منبثق عن إله وإله ثالث أقل شأنا, ومسيحي آخر يؤمن بثلاثة آلهة وام الإله إلهة أيضا لكنها أقل شأنا ... وهكذا يقول الفيلسوف الفرنسي فولتير "إن لدي مائتين مجلد في اللاهوت المسيحي وقرأتها كلها, فكنت كأنما اقوم بجولة في مستشفى للأمراض العقلية" في القرن الخامس الميلادي كانت هناك 5 عواصم رئيسية للمسيحية (المحرفة), (روما - القسطنطينية - القدس - أنطاكية - الإسكندرية) .. لكن روما كانت بلا شك هي الأبرز, واصبح ابائها وباباوتها يتصرفون على انهم هم القادة, وبدأوا بإدعاء العصمة من الأخطاء والتحدث بالنيابة عن الإله .. مما جعل الكنائس الأخرى ترى أن روما قد تعدت حدودها وهكذا اصبح هناك شبه فرقتين كبيرتين في المسيحية المحرفة (الكنيسة الشرقيةوالكنيسةالغربية). في القرن التاسع الميلادي طلب إمبراطور القسطنطينية "فوتيوس الأول" إعتذارا من بابا روما "يوحنا السابع" عن تحريف العقيدة (إضافة أن الروح القدس تنبثق من الأب والإبن معا) ولكن بابا روما رفض الإعتذار, وبالمقابل رفض فوتيوس الإعتراف بأفضلية أو زعامة الكنيسة الرومانية. بعد بعثة محمد (صلى الله عليه وآله وسلم) إنحسرت املاك الدولة الرومانية في الشرق, وأدى ذلك إلى توسعهم غربا في أوروبا, ووإجبارهم القبائل الأوروبية الوثنية على إعتناق المسيحية الرومانية, وبحلول القرن الثامن الميلادي أصبح غرب اوروبا خاضع للمسيحية الكاثوليكية. وحملت الكنيسة الأورثوذكسية الراية شرق اوروبا فاصبح شرق اوروبا تقريبا خاضع للكنيسة الأورثوذكسية . في عام 1054م حدث إنفصال تام بن الكنيسة الشرقية (والتي أصبحت تسمى الكنيسة الأورثوذكسية) والكنيسة الرومانيةالغربية (والتي اصبحت تسمى الكاثوليكية) وبدأت المعارك تنشب بينهم, فأتباع كلا الفريقين اصبحوا مضطهدين في أرض الفرقة الأخرى. وبالطبع كان هناك طوال هذه الفترات فرق اخرى ولكنها قليلة العدد والتأثير. في عام 1095م دعا البابا أوربانيوس الثاني في مؤتمر كليرمونت المسيحيين لإستعادة بيت المقدس من أيدي المسلمين, تبعتها حملتين عام 1145م والأخرى 1187م .. الحملة الرابعة دعى إليها البابا إنوسنت الثالث وصلت إلى القسطنطينية, وكان من المفترض ان تواصل طريقها إلى الشام, لكنهم بدلا من ذلك هاجمت القسطنطينية عاصمة الدولة البيزنطية الأرثوذكسية وخربتها وسرقتها.