توقع عدد من خبراء الشئون الأفريقية أن تقوم مصر بعد المرحلة الانتقالية بإنشاء مجلس أمن قومي لتخطيط وإدارة ومتابعة تنفيذ سياسة مصر الخارجية تجاه أفريقيا وغيرها، وفي هذا المجال أكد د. محمود أبو العينين عميد معهد البحوث والدراسات الأفريقية علي أهمية أن يقوم هذا المجلس بصنع السياسة الخارجية المصرية من منظور استراتيجي وترشيد عملية اتخاذ القرارات وتأتي أهمية هذا المجلس في المستقبل من السرعة المتوقعة في تداول السلطة بين الرؤساء والحكومات وفي هذه الحالة سيوفر هذا المجلس الطابع القومي المستمر للسياسة الخارجية ويبعدها عن المنافسات الحزبية الضيقة في المرحلة المقبلة وفي نفس الاتجاه أكد د. إبراهيم نصر الدين أستاذ الدراسات الأفريقية بجامعة القاهرة علي ضرورة إنشاء مركز معلومات واستشارات أفريقية تصب فيها كل المعلومات وردود الأفعال الأفريقية تجاه الممارسات المصرية في أفريقيا بهدف تصحيح مسار التحرك المصري في أفريقيا وفي القيام بنشاط مخطط في هذه القارة في جميع المجالات تعزيزا للمصالح المصرية في القارة السمراء وتنميتها. جاء ذلك خلال المناقشات التي شهدها مؤتمر عقده المركز الدولي للدراسات المستقبلية والاستراتيجية تحت عنوان «مستقبل العلاقات المصرية الأفريقية.. التحديات.. والطموحات» وأكد في بدايته اللواء أحمد فخر رئيس المركز أن علاقات مصر بأفريقيا تتمتع بخصوصية شديدة وتتداخل فيها العوامل الحضارية والتاريخية والجغرافية ويعتبر نهر النيل رابطا عضويا بين مصر وأفريقيا وعاملا أساسيا في جعل القارة السمراء مجالا حيويا لمصر علي مر العصور لا يمكن التفريط فيه أو التقليل من أهميته. وأشار عادل سليمان المدير التنفيذي للمركز إلي أن العلاقات المصرية الأفريقية كانت قد شهدت نشاطا واسعا في العقود الثلاثة التي تلت ثورة يوليو 1952 إلا أن تراجعا واضحا في التفاعل المصري الأفريقي بدأ مع نهاية السبعينيات وتفاقم وبلغ ذروته خلال السنوات العشر الأخيرة .