تتكتم وزارة النقل على تعريفة خدمات النقل البحرى وتحيطها بسرية شديدة كأنها أمرجلل وخطر قادم لا محالة وبدأت فكرة توحيد هذه التعريفة عام 2003 بحيث تسرى على كل موانئ الجمهورية حيث كانت كل ميناء تحدد أسعار الخدمات التى تقدمها للسفن حسب ماتراه. هذه الأسعار تشمل التخزين والشحن والوكالة الملاحية. ورفعت شركات التوكيلات الملاحية الخاصة التعريفة حوالى 5 أضعاف ما حددته الوزارة قبل 10 سنوات لأن جهاز قطاع النقل البحرى حدد حدًّا أدنى للتعريفة وترك حدها الأقصى مفتوحا على مصراعيه بهدف تحقيق المزيد من الأرباح الخرانية. ويلجأ أصحاب الوكالات الملاحية الخاصة إلى جر رجل الزبون بادعائهم أنهم يقدمون أعمال الوكالة دون أتعاب اتعابهم مجانا وبلا مقابل ثم يحصلون على أتعاب مضاعفة من أصحاب البضائع سواء كانوا مستوردين أو مصدرين. وتحالفت وزارة النقل وشركات التوكيلات الملاحية الخاصة على اغلاق أبواب شركات التوكيلات الملاحية الحكومية بالضبة والمفتاح حيث كانت هى الوكيل الرسمى والتوكيلات الخاصة كان دورها ينحصر فى متابعة تحصيل النوالين. وكانت الشركات الملاحية الحكومية تأخذ حساب رقم (1) حيث يتم تحصيل حسابات البواخر مباشرة من الملاك. ثم سمح ضعاف النفوس بفتح حساب رقم (2) فى أحد البنوك لممثلى الملاك وتقوم الشركات الملاحية الحكومية بتحصيل حسابات البواخر من الحساب رقم (2) بعد أن يتم تسقيعها لعدة شهور لحساب القطاع الخاص. وقبل 8 شهور تم عمل دراسات واجتماعات بين غرف الملاحة وقطاع النقل البحرى والأكاديمية العربية للعلوم والتكنولوجيا والنقل البحرى وتوصلوا إلى تعريفة متوازنة تناسب كل الأطراف وكانت ثمة اعتراضات على رفع رءوس الأموال للشركات الملاحية الخاصة رغم أن رأس المال عادة لا يكون مدفوعا بالكامل وكذلك تقدم للموانئ بهدف تحسين الخدمات الملاحية. وتناولت الدراسة أن هيئات الموانئ تصفى السلع الاستراتيجية من أى رسوم إضافية حرصا على محدودى الدخل والغلابة وكان مقترحا أن تتحمل السفن العملاقة الزيادة المتوقعة فى أسعار الخدمات الملاحية وأن يتم اعفاء السفن الصغيرة من أية زيادة أو أعباء مالية لكيلا يتأثر المواطن البسيط بزيادة الأسعار حيث إن زيادة فى نفقات النقل البحرى والشحن والتخزين تنعكس على المستهلك المصرى فى النهاية. وقد طالبت الغرفة التجارية بعدم زيادة أى أسعار فى التعريفة الجديدة عن تعريفة عام 2003 إلا فى أضيق الحدود مراعاة للبعد الاجتماعى ومطلوب أن تعلن وزارة النقل عن التعريفة المقترحة لخدمات النقل البحرى وأن تطرحها لحوار مجتمعى للوصول إلى تعريفة متوازنة لكل الأطراف. كما يتعين وضع حد أقصى لتعريفة الخدمات الملاحية للقطاع الخاص لأنه لا يعقل أن تحدد للتعريفة حدًا أدنى دون حد أقصى إلا لغرض فى نفس يعقوب.