حمل التقرير النهائي للمجلس الأعلي لحقوق الإنسان لمتابعة الانتخابات البرلمانية مفاجآت غير متوقعة حيث طلب المجلس من الرئيس العمل علي الفصل بين مؤسسات الدولة والحزب الوطني الحاكم لمنع استخدام المال العام في الانتخابات والتحقيق الفوري في مقتل ضحايا العنف والاعتداء علي القضاة المشرفين والعنف الذي شاب المرحلتين الثانية والثالثة من الانتخابات وتقديم المسئولين عنها لجهات التحقيق أيا كانت مواقعهم وانتماءاتهم. وشدد التقرير الذي تنفرد نهضة مصر، بنشره قبل صدوره الرسمي بعد غد الخميس علي تحديد الوضع القانوني للمقبوض عليهم والمحتجزين خلال سير العملية الانتخابية بمراحلها الثلاث وعرضهم علي جهات التحقيق في أقرب وقت. ووجه التقرير انتقادات حادة للحزب الوطني واللجنة العليا المشرفة علي الانتخابات البرلمانية حيث قال التقرير إن مرشحي الحزب الوطني تعدوا سقف الانفاق المالي في الدعاية والذي حددته اللجنة بالإعلانات التي نشروها في الصحف القومية بالتحديد مشيرا إلي أن ذلك أخل بمبدأ تكافؤ الفرص بين المرشحين مشيرا إلي ضرورة التحقيق في وقائع الرشاوي واستخدام المال العام والعنف من جانب المرشحين. وانتقد المجلس رئاسة وزير العدل للجنة العليا للانتخابات وتشكيلها من عناصر غير قضائية مشيرا إلي أنه كان من الأولي أن تسند رئاستها لرئيس المحكمة الدستورية العليا أسوة بما أتبع في اللجنة الرئاسية وأن يكون أغلبيتها من رجال القضاء حتي يضمن حيادها لافتا إلي ضعف اختصاص اللجنة حيث أكد المجلس أن المشرع أراد للجنة أن تكون استشارية دون أن تكون لها اختصاصات فعالة ونافذة علي عكس لجنة الانتخابات الرئاسية. كما انتقد المجلس التواجد الأمني المكثف علي لجان المرحلة الثالثة والذي اتخذ في بعض حالاته صورة محاصرة أماكن الاقتراع مما حال دون وصول الناخبين إليها وهو ما يمثل تناقضا يصعب الدفاع عنه. وكشف المجلس عن تلقيه خمسة ردود فقط علي 406 شكاوي قام برفعها للجنة البرلمانية ووزارتي الداخلية والصحة. في وقت وجه فيه التقرير انتقادا لاذعا لتوجيه الإعلام الحكومي السلبي تجاه جماعة الإخوان المسلمين حيث انتقد التقرير البرامج التليفزيونية التي انتقدت الجماعة بشكل غير موضوعي أثناء العملية الانتخابية. في الوقت نفسه انتقد التقرير أجهزة الإعلام الرسمية والصحف القومية لعدم حيادها في التغطية الإعلامية للانتخابات وميلها لمرشحي الحزب الوطني وكذلك عدم الحديث عن المتسببين الرئيسيين في أحداث العنف الذي شهدتها الانتخابات فيما أشاد التقرير بصحيفتي نهضة مصر والمصري اليوم موضحا أنهما نقلتا بأمانة ما حدث في الشارع المصري أثناء الانتخابات وأكد التقرير أن توقيت إجراء الانتخابات الرئاسية والبرلمانية لم يكن مناسبا مشيرا إلي قصر المسافة الزمنية التي فصلت بين مبادرة الرئيس والإصلاحات الانتخابية عن موعد الانتخابات الفعلي وأثرت بالسلب علي استعدادات الأحزاب والقوي السياسية المختلفة. موضحا أن النظام الفردي الذي تمت به الانتخابات مليء بالسلبيات وطالب المجلس بدراسة إقامة الانتخابات القادمة بنظام القائمة النسبية الذي سيعطي القدرة للأحزاب علي العودة للمنافسة السياسية ولتلافي مشاكل مشاركة المرأة والأقباط.