في أعقاب ثورتي الخامس والعشرين من يناير 2011 والثلاثين من يونيو 2013 خرجت بعض المحاولات الجاهلة للعبث بتاريخ مصر الثقافي والحضاري، ساعية إلي اقتحام المتاحف وسرقة وإحراق مقتنياتها الأثرية دون وعى بهذا الكنز الحضاري الذي لا يمكن تعويضه أو تقديره بثمن. رصدت وزارة الآثار هذه المحاولات، ففي يوم 28 من يناير 2011 المعروف بجمعة الغضب تعرض "المتحف المصري" بالتحرير إلي الاقتحام من قبل مجموعات مجهولة نجحت في سرقة 54 قطعة من مقتنياته الأثرية وتحطيم الفتارين وبعض القطع المعروضة بداخلها ، بذلت الآثار أقصى الجهود المتاحة لديها من اجل استعادة ما لم يتم استعادته حتى الآن من مسروقات المتحف، كما عملت في الوقت نفسه على ترميم كل قطعة أثرية تم استعادتها أو العثور عليها بين طرقات المتحف وحديقته، حيث استعادت الآثار 29 قطعة أثرية ويتبقى 25 قطعة مازالت مفقودة . وفي أعقاب حالة الانفلات الأمني التي أعقبت فض اعتصامي ميدان الاتحادية والنهضة، تمكنت مجموعات من أنصار الرئيس المعزول محمد مرسي ، من اقتحام متحف "ملوي" بمحافظة المنيا وسرقة وإحراق وتحطيم مقتنياته الأثرية، حيث تم سرقة وتحطيم 1044 قطعة أثرية من إجمالي عدد مقتنيات المتحف والذي بلغ 1089. وأكدت الوزارة في بيان أنها بذلت كافة الجهود لاستعادة القطع الأثرية المسروقة من خلال حصر القطع وإجراء اتصالاتها الدولية مع منظمة اليونسكو لوضع قوائم الحصر وبيانات القطع المسروقة على موقعها الإلكتروني ورفعها على القائمة الحمراء، كما أبلغت الوزارة الانتربول الدولي حتى تحكم سيطرتها وتضمن استحالة بيع مقتنيات المتحف المسروقة حول العالم، كما خرجت وزارة الآثار بإعلان بوقف المحاسبة القانونية لأي شخص يرغب في تسليم ما لديه من مسروقات المتحف مع صرف مكافآت مالية، إجراءات فورية اتخذها الوزارة لمواجهة واحدة من بين أزمات المرحلة، أسفرت في النهاية عن استعادة 731 قطعة أثرية من بين إجمالي عدد المسروقات. وفي مواجهة واقعة أخد ثلاثة من الخبراء الألمان لعينات من داخل الحجرة الخامسة أعلى هرم الملك خوفو بغرض تحليلها، رد مسئولي وزارة الآثار وخبرائها على ما أشاعه الخبراء الألمان من أقاويل مخالفة للوقائع التاريخية معلنة عدم اعترافها بما توصل له الخبراء من نتائج، متخذه كافة إجراءاتها القانونية ضد الخبراء الألمان والمعمل الذي قام بإجراء عمليات التحاليل، كما أوقفت التعامل مع الجامعة الألمانية التي ينتمي إليها الخبراء، وفي الوقت نفسه اتخذت الآثار كافة الإجراءات اللازمة لمنع حدوث مثل هذه الأعمال من جديد من خلال إعلان قرارها بِشأن منع الزيارات الخاصة عن مختلف المواقع الأثرية على مستوى الجمهورية إلا بموافقة اللجنة الدائمة المختصة والجهات المعنية. المشروعات الجديدة سعت وزارة الآثار بجميع طاقاتها العاملة على استمرار حركة العمل بالعديد من المشروعات الجارية وبذلت كافة المساعي المتاحة لاستئناف العمل بالمشروعات المتوقفة، كما حاولت البدء في المزيد من المشروعات تطويرا لمنظومة العمل الأثري وحماية للمواقع الأثرية : ففي مجال مشروعات الترميم نجح المركز المصري الفرنسي لدراسة معابد الكرنك في الانتهاء من ترميم مقصورة الملكة حتشبسوت المعروفة باسم الأثر المقدس وإعادة تركيبها بالمتحف المفتوح بالكرنك تمهيداً لافتتاحها أمام الزيارة المحلية والعالمية نهاية فبراير الجاري. وفي ابريل من 2013 استأنف العمل بمشروع تطوير القاهرة التاريخية وبدأ العمل بالمرحلة الثانية من مشروع التطوير الحضري لمنطقة الجمالية بعد توقف دام إلى ما يقرب عن عامين بسبب بعض المشكلات الفنية والمالية . انتهت الوزارة من مشروع الترميم المعماري والدقيق لكنيسة دير الرسل بأطفيح بمحافظة الجيزة والتي تعود إلى القرن الرابع الميلادي، وتم افتتاح الكنسية أمام الزيارة بعد أن استغرق العمل بالمشروع أربع سنوات بتكلفة تقدر 6 مليون جنيه. افتتح مسجد الأمير مصطفى جوربجى الشهير بميزرا بمنطقة ببولاق أبو العلا والذي يعود إلى عام 1110ه 1698م، وذلك بعد الانتهاء من مشروع ترميم متكامل استمر العمل به أربع سنوات بتكلفة تقدر بحوالي 27 مليون جنيه. خرجت أول قطعة خشبية من مركب خوفو الثانية إلى النور منذ أن حفظها الفراعنة داخل حفرتها بجوار هرم خوفو لفترة تمتد إلى 4500 عام، تمهيدا للبدء في إطلاق مشروع متكامل لأخشاب المركب، حيث يجرى نقل أخشابها لمعمل الترميم المجهز بالموقع لترميمها وإعادتها للحياة مرة أخرى. قررت اللجنة الدائمة للآثار الإسلامية والقبطية اتخاذ الإجراءات اللازمة لترميم منزل الزعيم أحمد عرابي بقرية هرية رزنة بمحافظة الشرقية، باعتباره أثر تاريخي يمكن تحويله إلى متحف أثري يعكس مراحل حياة واحد من أهم الزعماء كما ينبض بروح الثورة العرابية. بدأت وزارة الآثار في التنسيق مع وزارة الاستثمار لبحث آليات طرح المراحل المنتهية من مشروع متحف الحضارة بالفسطاط استغلال السياحي ، والمتمثلة فى منطقة الاستقبال من المسرح والسينما وقاعة المؤتمرات والمركز التجاري. افتتحت "الآثار" مسجد الشيخ عامر بقرية ديبي بمحافظة البحيرة والذي يعود لعام 1014ه - 1606 م، وذلك بعد الانتهاء من مشروع ترميم استمر لأكثر من ثلاثة سنوات بتكلفة بلغت حوالي 36 مليون جنيها مصريا. بدأ العمل في مشروع ترميم القبة الضريحية للملكة شجر الدر بمنطقة الخليفة ضمن مشروع ترميم وتطوير القاهرة التاريخية وذلك بالتعاون مع مركز البحوث الأمريكي، وفى إطار مشروع إعادة تأهيل منطقة الخليفة. اتخذت الإجراءات القانونية اللازمة لإتمام أعمال ترميم وتدعيم مئذنة مسجد فاطمة الشقراء الأثري بمنطقة تحت الربع بباب الخلق بالقاهرة التاريخية والذي من المرجح أن يستغرق ما يقرب من عام، نظرا لطبيعة المئذنة الخاصة حيث أن هذه هي المرة الأولى التي يتم خلالها عمل ترميم إنشائي ومعماري لمئذنة أثرية. تسجيل الآثار تسجيل دار كسوة الكعبة بحى الجمالية بالقاهرة في عداد الآثار الإسلامية والقبطية، وذلك للقيمة التاريخية والروحانية للدار التي ارتبطت بالكعبة المشرفة. تسجيل قصر رأس التين بالإسكندرية في عداد الآثار الإسلامية والقبطية، يأتي هذا القرار لأهمية القصر من الناحية المعمارية والتاريخية وما يتضمنه من عناصر فنية وزخرفيه. ومن ضمن إنجازات الوزارة التي حرصت على ذكرها الوزارة، الانتهاء من تعيين عدد 13130 وظيفة من العاملين المؤقتين بالوزارة تمويلاً ذاتياً دون تحمل الدولة أية أعباء مالية. كذلك البدء بالتعاون مع كل من وزير البيئة ومحافظ القاهرة في الحملة التي تقودها وزارة الآثار لنظافة الآثار ورفع المخلفات من المواقع الأثرية، وبالتعاون مع أهالي المناطق والمواقع الأثرية وبعض شباب الأثريين العاملين بالوزارة وحملة حراس الحضارة.