أعربت المنظمة المصرية لحقوق الإنسان عن قلقها البالغ إزاء قرار المجلس الأعلى للقوات المسلحة بتفعيل العمل بقانون الطوارئ ، قائلة أنه '' يتناقض مع تعهداته التي من ضمنها إنهاء العمل بقانون الطوارئ قبل الانتخابات التشريعية المقبلة''. وأكدت المنظمة في بيان لها أن القانون بنصوصه الحالية يهدد حريات وحقوق المواطنين جميعا حيث ''أباح للسلطات مكانة وضع قيود على الأفراد والاجتماعات والقبض والتفتيش وغيرها من انتهاكات حقوق الإنسان دون التقيد بأحكام قانون الإجراءات الجنائية '' . وجددت المنظمة تأكيدها على أن ''القانون بصورته الحالية أبقي على العمل بالمحاكم الاستثنائية منها محاكم أمن الدولة العليا طوارئ وإحالة المدنيين للمحاكمات العسكرية أيضا ، كما يمكن بمقتضاه إصدار قرارات و أوامر عسكرية لتقييد الحقوق والحريات طالما أن حالة الطوارئ سارية.. مطالبة بضرورة إنهاء العمل بقانون الطوارئ قبل الانتخابات التشريعية المقبلة، بما يتفق مع تعهدات المجلس الأعلى للقوات المسلحة بأن تجري الانتخابات في ظل إلغاء حالة الطوارئ ''.
ومن جانبه أكد حافظ أبو سعده رئيس المنظمة ،على أن قانون الطوارئ يتضمن أحكاماً تتعارض مع ما جاء به الإعلان الدستوري المصري ومع ما جاءت به كافة المواثيق والاتفاقيات المعنية بحقوق الإنسان. وأشار إلى أن أحكام قانون العقوبات كفيلة بمواجهة كافة الجرائم والأحداث التي تمر بها البلاد إذا ما تم تنفيذها وبدقة ، مشددا على أن الحل في مواجهة أي جرائم أو أحداث متلاحقة لا يكمن في تطبيق قوانين استثنائية بل في تطبيق صحيح نصوص القانون على جميع المواطنين . الجدير بالذكر أن المجلس الأعلى للقوات المسلحة قد قرر تفعيل العمل بقانون الطوارئ مع تعديل بعض أحكامه بموجب المرسوم بقانون رقم 193 لسنة 2011 والذي تضمن تطبيق الأحكام المترتبة على إعلان حالة الطوارئ خلال مدة سريانها على حالات مواجهة حدوث اضطرابات في الداخل و أخطار الإرهاب والإخلال بالأمن القومي والنظام العام بالبلاد .